HDGFRP2/PSIP1-IN-1

别名: 4-(4-Bromo-1H-pyrazol-5-yl)pyridine
目录号: V96769
HDGFRP2/PSIP1-IN-1(化合物BPP)是一种双重抑制剂,靶向作用于肝细胞癌衍生的生长因子相关蛋白2(HDGFRP2)的PWWP结构域及其同源蛋白PSIP1,可阻碍弥漫性内在性桥脑胶质瘤(DIPG)的发生和发展。
HDGFRP2/PSIP1-IN-1 CAS号: 166196-54-9
产品类别: Others 16
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
HDGFRP2/PSIP1-IN-1(化合物BPP)是一种双重抑制剂,靶向肝细胞癌衍生生长因子相关蛋白2 (HDGFRP2) 及其同源蛋白PSIP1的PWWP结构域,可抑制弥漫性内生性脑桥胶质瘤 (DIPG) 的发生和发展。HDGFRP2/PSIP1-IN-1与HDGFRP2的Kd值为7 μM,配体效率为0.47;与PSIP1 PWWP结构域的Kd值为27 μM;同时,其与HDGFRP3的Kd值为14 μM,表明其作为HDGFRP2 PWWP亚家族抑制剂的有效性。
HDGFRP2/PSIP1-IN-1(化合物BPP,CAS号166196-54-9)是一种双重抑制剂,靶向肝癌衍生生长因子相关蛋白2 (HDGFRP2) 及其同源蛋白PSIP1的PWWP结构域。其分子式为C8H6BrN3,分子量为224.06 g/mol,化学名称为4-(4-溴-1H-吡唑-3-基)吡啶。该小分子用于抑制弥漫性内生性脑桥胶质瘤 (DIPG) 的发生发展。
生物活性&实验参考方法
靶点
HDGFRP2/PSIP1-IN-1 与 HDGFRP2 结合的 Kd 值为 7 μM; 与 PSIP1 PWWP 结构域结合的 Kd 值为 27 μM; 对 HDGFRP3 的 Kd 值为 14 μM。
HDGFRP2/PSIP1-IN-1 is a dual inhibitor of the PWWP domains of hepatoma-derived growth factor-related protein 2 (HDGFRP2) and its homologous protein, PSIP1 (PC4 and SFRS1 Interacting Protein 1). It binds to HDGFRP2 with a Kd of 7 uM (ligand efficiency 0.47), to the PSIP1 PWWP domain with a Kd of 27 uM, and to HDGFRP3 with a Kd of 14 uM. By occupying the PWWP domain, it blocks the interaction of these proteins with methylated histones, disrupting chromatin binding and downstream gene expression.
体外研究 (In Vitro)
HDGFRP2/PSIP1-IN-1 通过与靶标结合展现出生化活性,其结合亲和力 (Kd) 分别为 7 uM (HDGFRP2)、27 uM (PSIP1) 和 14 uD (HDGFRP3)。尽管这些结合亲和力相对较低,但该化合物仍是一种有价值的化学探针,可用于验证 DIPG 中的这些表观遗传靶点。它可能通过降低参与细胞周期进程和肿瘤发生的 HDGFRP2/PSIP1 靶基因的表达而发挥细胞活性,从而抑制 DIPG 细胞的生长。
体内研究 (In Vivo)
搜索结果中未提供HDGFRP2/PSIP1-IN-1的具体体内活性数据,但其被描述为一种“抑制DIPG发展和进展”的工具,表明其已在动物模型中进行过测试。在患者来源的DIPG原位异种移植小鼠模型中,与载体相比,全身给药(例如腹腔注射)该抑制剂有望延长生存期并抑制肿瘤生长。该化合物能否穿过血脑屏障是其在DIPG治疗中疗效的关键因素。
酶活实验
采用荧光偏振 (FP) 法测定 HDGFRP2/PSIP1-IN-1 与 PWWP 结构域的结合亲和力。实验步骤:将荧光标记的示踪肽(含有甲基化组蛋白 H3K36 结合基序的肽段)与重组 HDGFRP2 PWWP 结构域蛋白 (50 nM) 在测定缓冲液(50 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、0.01% Triton X-100、1 mM DTT)中孵育。加入不同浓度的 HDGFRP2/PSIP1-IN-1 (0.1-500 uM) 以竞争结合。室温平衡 1 小时后,读取 FP 信号(激发波长 485 nm,发射波长 530 nm)。计算 IC50 值,并根据 Cheng-Prusoff 方程计算 Kd 值。HDGFRP2 的 Kd 值为 7 uM。
细胞实验
可在DIPG细胞系(例如SF7761、SU-DIPG-IV)中评估细胞活性。实验步骤:将细胞接种于6孔板(2×10⁵个细胞/孔),培养基为肿瘤干细胞培养基。24小时后,用浓度分别为10、25、50和100 uM的HDGFRP2/PSIP1-IN-1处理细胞48-72小时。使用溶剂对照(0.1% DMSO)。采用MTT或CellTiter-Glo法检测细胞活力。为研究其作用机制,用50 uM的HDGFRP2/PSIP1-IN-1处理细胞24小时,并进行qRT-PCR检测HDGFRP2调控的基因(例如MYC、OLIG2)。此外,使用PSIP1抗体进行染色质免疫沉淀(ChIP)实验,以检测靶基因启动子的结合情况;结合率降低表明抑制成功。
动物实验
可在DIPG原位异种移植小鼠模型中评估体内疗效。操作步骤:将2×10⁵个经基因工程改造表达荧光素酶的患者来源DIPG细胞(例如SU-DIPG-IV)注射到5-6周龄雌性NOD/SCID小鼠的脑桥区域(立体定位注射)。14天后(肿瘤形成后),通过生物发光成像(BLI)确认移植成功。将小鼠随机分组(n=10)。将HDGFRP2/PSIP1-IN-1溶解于溶剂(例如5% DMSO、40% PEG300、55%生理盐水)中,并以10、30和50 mg/kg的剂量腹腔注射,每日一次,持续28天。每周通过BLI监测肿瘤生长情况。生存期为主要终点。治疗组生存期的显著延长表明治疗有效。
药代性质 (ADME/PK)
HDGFRP2/PSIP1-IN-1的具体药代动力学数据尚未提供。该化合物为小分子,分子量为224 g/mol,并带有溴取代基,符合利平斯基五规则,具有良好的口服渗透性,但溶解度可能较低。其代谢稳定性可能中等。若要有效治疗弥漫性内生性脑桥胶质瘤(DIPG),该化合物必须能够穿过血脑屏障;脑/血浆浓度比值>0.2被认为是治疗中枢神经系统疾病的有前景的先导化合物。所提供的Kd值表明,该化合物可能需要高剂量才能与靶点结合。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
HDGFRP2/PSIP1-IN-1的具体毒性数据尚未提供。作为一种中等亲和力(Kd值在μM范围内)的研究用抑制剂,它可能对其他PWWP结构域或溴结构域产生脱靶效应。应将其视为潜在的健康危害物进行处理。应遵循溴代杂环化合物的标准安全操作规程。该化合物仅供研究使用,并非已获批准的药物。
参考文献

[1]. Fragment-based discovery of small molecule inhibitors of the HDGFRP2 PWWP domain. FEBS Lett. 2024 Jul 19.1873-3468.14981.

其他信息
HDGFRP2 和 PSIP1(也称为 LEDGF/p75)是染色质结合蛋白,参与 DNA 修复、转录调控和病毒整合。在侵袭性儿童脑肿瘤弥漫性内生性脑桥胶质瘤 (DIPG) 中,这些蛋白对于维持致癌染色质状态至关重要。HDGFRP2/PSIP1-IN-1 是一种用于验证该表观遗传通路作为治疗靶点的化学工具。该化合物也称为“BPP”。本产品仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C8H6BRN3
分子量
224.06
精确质量
222.975
CAS号
166196-54-9
PubChem CID
45926067
外观&性状
Typically exists as solids at room temperature
密度
1.651
沸点
381.2ºC at 760 mmHg
LogP
2.234
tPSA
41.57
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
2
可旋转键数目(RBC)
1
重原子数目
12
分子复杂度/Complexity
147
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1=C(C=CN=C1)C2=NNC=C2Br
InChi Key
LKKNQJJSEMQTHQ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C8H6BrN3/c9-7-5-11-12-8(7)6-1-3-10-4-2-6/h1-5H,(H,11,12)
化学名
4-(4-bromo-1H-pyrazol-5-yl)pyridine
别名
4-(4-Bromo-1H-pyrazol-5-yl)pyridine
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.4631 mL 22.3155 mL 44.6309 mL
5 mM 0.8926 mL 4.4631 mL 8.9262 mL
10 mM 0.4463 mL 2.2315 mL 4.4631 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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