(rel)-MC180295

CDK9- Cyclin T1 (IC50 = 5 nM); CDK1-Cyclin B (IC50 = 138 nM); cdk2-cyclin A (IC50 = 233 nM); cdk2-cyclin E (IC50 = 367 nM); CDK3-Cyclin E (IC50 = 399 nM); CDK4-Cyclin D (IC50 = 112 nM); cdk5-p35 (IC50 = 159 nM); cdk5-p25 (IC50 = 186 nM); cdk6-cyclin D3 (IC50 = 712 nM); CDK7-CycH/MAT1 (IC50 = 555 nM)
Cyclin-Dependent Kinase 9 (CDK9)-Cyclin T1 (IC₅₀ = 5 nM) [1]
Other CDKs (selectivity ≥22-fold vs. CDK9): CDK1-Cyclin B (IC₅₀ = 138 nM), CDK2-Cyclin A (IC₅₀ = 233 nM), CDK2-Cyclin E (IC₅₀ = 367 nM), CDK3-Cyclin E (IC₅₀ = 399 nM), CDK4-Cyclin D (IC₅₀ = 112 nM), CDK5-P35 (IC₅₀ = 159 nM), CDK5-P25 (IC₅₀ = 186 nM), CDK6-Cyclin D3 (IC₅₀ = 712 nM), CDK7-CycH/MAT1 (IC₅₀ = 555 nM) [1]
GSK-3α and GSK-3β [1]

MC180295 是一种高效、选择性的 CDK9-Cyclin T1 抑制剂。它的 IC50 为 5 nM，其 CDK9 选择性比其他 CDK 至少提高 22 倍，包括 CDK1-Cyclin B（IC50，138 nM）、CDK2-Cyclin A（IC50，233 nM）、CDK2-Cyclin E (IC50, 367 nM)、CDK3-细胞周期蛋白 E (IC50, 399 nM)、CDK4-细胞周期蛋白 D (IC50, 112 nM)、CDK5-P35 (IC50, 159 nM)、CDK5-P25 (IC50, 186 nM)、CDK6 -细胞周期蛋白D3（IC50，712 nM）和CDK7-CycH/MAT1（IC50，555nM）。此外，MC180295 还能抑制 GSK-3α 和 GSK-3β[1]。 MC180295 (500 nM) 以 CDK9 为靶标，重新激活表观遗传沉默的基因，同时保留 DNA 甲基化[1]。 MC180295 (0.1 μM) 可防止癌细胞生长[1]。

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1. 表观沉默基因的重激活：用(rel)-MC180295（500 nM，处理24–72小时）处理YB5细胞（SW48衍生，GFP因CMV启动子甲基化沉默的报告细胞系），可重激活GFP表达（流式细胞术FACS和荧光显微镜检测），同时重激活其他沉默基因（如SYNE1、MGMT，qPCR检测）。基因组分析证实，该重激活不依赖DNA甲基化变化[1]
2. 抗增殖活性：(rel)-MC180295（0.1 μM，单剂量，孵育4天）通过台盼蓝排斥法检测，可抑制多种癌细胞系（SW48、HCT116、HL60、MCF7、DU145、LNCaP）的增殖，而对正常肺成纤维细胞IMR90影响极小。软琼脂克隆形成实验中，该药物（单剂量，处理4天）可减少SW48和HCT116细胞的集落形成[1]
3. 诱导细胞分化：(rel)-MC180295（单剂量，处理4天）可诱导HL60白血病细胞分化，流式细胞术检测显示分化标志物CD11b表达增加，疗效与阳性对照全反式维A酸（ATRA，1 μM）相当[1]
4. 调控蛋白磷酸化：(rel)-MC180295（处理2小时）以剂量依赖性方式抑制癌细胞中RNA聚合酶II（RNAPII）Ser2位点的磷酸化（pSer2，CDK9直接底物）。500 nM时，仅特异性抑制CDK9，不影响CDK4/6底物（磷酸化Rb的T870/811、T826位点；p130）或CDK1/2底物（磷酸化CDK底物基序(K/H)pSP；磷酸化PRC1）的磷酸化；5 μM时，可额外抑制CDK4/6[1]
5. 与BRG1相互作用及表观调控：同位素激酶活性实验中，(rel)-MC180295（联合重组CDK9）可降低SWI/SNF蛋白BRG1的磷酸化水平。在YB5细胞中，过表达野生型BRG1（而非5个丝氨酸残基被丙氨酸取代（5STOA）或缺失（NO5S）的BRG1突变体）可与(rel)-MC180295协同重激活GFP（共聚焦显微镜检测），证实BRG1去磷酸化参与基因重激活[1]
6. 激活内源性逆转录病毒（ERV）：(rel)-MC180295（单剂量，处理4天）可上调YB5细胞中ERV的表达（qPCR检测），与阳性对照地西他滨（DAC）效果相似，表明其可广泛松弛染色质[1]

MC180295（20 mg/kg，ip，qod）在体内对人 T 细胞生长没有抑制作用，但在携带 SW48 细胞的小鼠中抑制显着的抗肿瘤活性[1]。

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1. SW48移植瘤模型的抗肿瘤疗效：NSG小鼠皮下接种2×10⁶ SW48结肠癌细胞，肿瘤可触及后（第11天），腹腔注射（i.p.）(rel)-MC180295（20 mg/kg）或溶媒，隔天一次（qod）。与溶媒组相比，(rel)-MC180295显著缩小肿瘤体积（卡尺测量）并延长小鼠生存期（对数秩检验，p<0.05）[1]
2. 与免疫检查点抑制剂在卵巢癌模型中的协同作用：在VEGF-DEF ID8同源卵巢癌小鼠模型中，使用CDK9抑制剂（SNS-032，因作用机制与(rel)-MC180295同源，作为替代药物）每3天处理，可在第4、5周减少腹水体积（肿瘤负荷指标）；联合α-PD-1免疫检查点抑制剂可在第5周进一步减少腹水并延长生存期，证实其具有免疫致敏作用[1]
3. 不抑制人T细胞生长：NSG小鼠腹腔注射2×10⁷健康人外周血单个核细胞（PBMC），第1天起腹腔注射(rel)-MC180295（20 mg/kg，qod），持续12天，第14天收集全血。流式细胞术（抗CD45、CD4、CD8抗体）检测显示，CD45+白细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞数量无显著减少，表明该药物在体内对人T细胞无毒性[1]

1. CDK9和BRG1的同位素激酶活性实验：构建含重组全长活性CDK9、重组BRG1和γ-³²P-ATP的反应体系，加入指定浓度的(rel)-MC180295（或黄酮吡醇flavopiridol作为阳性对照），在激酶活性最佳条件下孵育。SDS-PAGE分离反应产物，放射自显影检测底物（RNAPII CTD、BRG1、CDK9自身）的磷酸化情况，考马斯亮蓝染色验证蛋白上样量[1]
2. CDK选择性实验：在无细胞激酶实验中，测试0.1 nM~10 μM (rel)-MC180295对10种CDK/细胞周期蛋白复合物（CDK1-细胞周期蛋白B、CDK2-细胞周期蛋白A/E、CDK3-细胞周期蛋白E、CDK4-细胞周期蛋白D、CDK5-P35/P25、CDK6-细胞周期蛋白D3、CDK7-CycH/MAT1、CDK9-细胞周期蛋白T1）的抑制作用。通过底物特异性检测方法（如肽底物磷酸化检测）测定激酶活性，以抑制剂浓度为横坐标、活性为纵坐标绘制曲线，计算每种复合物的IC₅₀[1]
3. 激酶面板筛选：将1 μM (rel)-MC180295与一组人激酶共同孵育，采用高通量激酶活性实验检测每种激酶的抑制情况，生成系统发育树可视化受抑制激酶的分布，证实其对CDK9的高选择性[1]

1. YB5细胞GFP重激活实验：接种YB5细胞（SW48衍生，GFP因CMV启动子甲基化沉默）于培养板，用0.1~500 nM (rel)-MC180295或溶媒（DMSO）处理24~72小时。流式细胞术（FACS）检测GFP表达，量化GFP+细胞百分比和平均荧光强度；荧光显微镜拍摄溶媒与药物处理组细胞图像以验证结果[1]
2. 基因表达qPCR分析：用0.1~10 μM (rel)-MC180295处理癌细胞（YB5、SW48、HCT116）24~72小时，标准方法提取总RNA并逆转录为cDNA。用沉默基因（GFP、SYNE1、MGMT）、ERV或内参基因（如GAPDH）的特异性引物进行qPCR，采用2⁻ΔΔCt法计算相对基因表达量（溶媒组为对照）[1]
3. 蛋白磷酸化Western blot检测：用0.1~5 μM (rel)-MC180295处理癌细胞2小时，含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液裂解细胞，提取总蛋白并BCA定量。SDS-PAGE分离蛋白后转印至PVDF膜，一抗孵育（抗pSer2-RNAPII、总RNAPII、磷酸化Rb（T870/811、T826）、p130、磷酸化CDK底物基序、磷酸化PRC1、BRG1或微管蛋白（内参）），HRP标记二抗孵育后化学发光显影，ImageJ软件量化条带强度[1]
4. 台盼蓝排斥法细胞增殖实验：24孔板接种正常肺成纤维细胞（IMR90）和癌细胞系（SW48、HCT116、HL60、MCF7、DU145、LNCaP）（5×10³个细胞/孔），用0.1 μM (rel)-MC180295或溶媒处理4天。胰酶消化细胞，台盼蓝染色，血细胞计数板计数活细胞，计算相对增殖率（溶媒组为对照）[1]
5. 软琼脂克隆形成实验：6孔板制备0.6%琼脂完全培养基底层，癌细胞（SW48、HCT116）与0.3%琼脂及0.1~1 μM (rel)-MC180295（或溶媒）混合后铺为上层，37°C、5% CO₂孵育4天。0.005%结晶紫染色集落，ImageJ计数，计算相对集落形成效率（溶媒组为对照）[1]
6. HL60细胞分化实验：6孔板接种HL60细胞，用0.1~1 μM (rel)-MC180295、1 μM ATRA（阳性对照）或1.25% DMSO（阴性对照）处理4天。收集细胞，荧光标记抗CD11b抗体染色，流式细胞术检测CD11b+细胞百分比[1]
7. ATAC-seq染色质开放性检测：10 μM (rel)-MC180295或DMSO处理SW48细胞4天，分离细胞核，Tn5转座酶标记开放染色质后提取DNA，构建测序文库并高通量测序。分析测序读数，计算所有基因及药物诱导基因的转录起始位点（TSS）周围ATAC-seq信号富集度，生成基因组浏览器轨迹图（如SPOCK2、CYP1B1基因）可视化启动子区域新增峰[1]
8. CDK9与BRG1免疫共沉淀（Co-IP）：转染细胞（HEK293T、SW48）中，转染FLAG标记CDK9/BRG1或GFP标记CDK9质粒；内源性Co-IP使用未转染的HEK293T或SW48细胞。IP缓冲液裂解细胞，与抗CDK9、抗BRG1、抗FLAG、抗GFP抗体或IgG（阴性对照）4°C孵育过夜，加入蛋白A/G琼脂糖珠孵育2小时，洗涤后洗脱蛋白。Western blot检测相互作用蛋白（抗CDK9、BRG1、FLAG或GFP抗体）[1]

NSG mice
5-20mg/kg
IP

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1. SW48 xenograft tumor model: Use 6–8-week-old female NSG mice. Subcutaneously (s.c.) inoculate 2×10⁶ SW48 cells into the right flank. Monitor tumor growth daily; when tumors reach a palpable size (~100 mm³, day 11), randomize mice into two groups (n=5–6 per group). Administer (rel)-MC180295 (20 mg/kg, dissolved in a suitable vehicle e.g., DMSO/cremophor/normal saline) or vehicle via intraperitoneal (i.p.) injection every other day (qod). Measure tumor volume twice weekly using a caliper (volume = length × width² / 2). Monitor mouse survival daily, plot survival curves using the Kaplan-Meier method [1]
2. Human PBMC transfer model: Use 6–8-week-old female NSG mice. Intraperitoneally inject 2×10⁷ human PBMCs (from a healthy donor) on day 0. On day 1, start administering (rel)-MC180295 (20 mg/kg, i.p., qod) or vehicle for 12 days. On day 14, collect whole blood via retro-orbital bleeding. Lyse red blood cells, stain leukocytes with fluorescently conjugated antibodies against CD45 (pan-leukocyte), CD4 (T helper cells), and CD8 (cytotoxic T cells). Analyze cell populations by flow cytometry, calculating the percentage of CD45+, CD4+, and CD8+ cells [1]
3. VEGF-DEF ID8 syngeneic ovarian cancer model: Use 6–8-week-old female C57BL/6 mice. Intravenously inject VEGF-DEF ID8 ovarian cancer cells to induce ascites. When ascites is detectable (week 3), randomize mice into three groups: vehicle, CDK9 inhibitor (SNS-032, 10 mg/kg, i.p. every 3 days), or SNS-032 + α-PD-1 (200 μg/mouse, i.p. twice weekly). Measure ascites volume at weeks 4 and 5 by abdominal palpation and fluid aspiration. Monitor mouse survival daily, plot survival curves. (Note: SNS-032 is used as a mechanistically similar CDK9 inhibitor to (rel)-MC180295 to demonstrate immunosensitization) [1]

1. Lack of human T-cell toxicity: In the human PBMC transfer model, (rel)-MC180295 (20 mg/kg, i.p., qod for 12 days) did not reduce the number of CD45+ leukocytes, CD4+ T cells, or CD8+ T cells in NSG mice, indicating no inhibitory effect on human T-cell growth in vivo [1]

[1]. Targeting CDK9 Reactivates Epigenetically Silenced Genes in Cancer. Cell. 2018 Nov 15;175(5):1244-1258.e26.

1. Background and development: (rel)-MC180295 is a novel, highly selective CDK9 inhibitor developed through structure-activity relationship (SAR) optimization and gene expression-guided screening. It belongs to the aminothiazole chemical class and is covered by a pending patent (PCT/US18/14465), with the study authors listed as co-inventors [1]
2. Mechanism of action: (rel)-MC180295 inhibits CDK9-mediated transcriptional elongation by blocking RNAPII Ser2 phosphorylation. It also dephosphorylates the SWI/SNF chromatin remodeler BRG1, which contributes to reactivating epigenetically silenced tumor suppressor genes and endogenous retroviruses (ERVs). ERV activation induces an interferon response, sensitizing cancer cells to immune checkpoint inhibitors (e.g., α-PD-1) [1]
3. Therapeutic potential: (rel)-MC180295 is a promising epigenetic therapy for cancer, with broad in vitro anti-cancer activity against multiple malignancies (colon, leukemia, breast, prostate cancer) and in vivo efficacy in xenograft models. Its ability to synergize with immune checkpoint inhibitors further supports its development for combination cancer therapy [1]
4. Structural features: The aminothiazole core of (rel)-MC180295 interacts with the CDK9 hinge region, forming a hydrogen bond with the conserved Lys48-Glu66 pair. Its norbornyl group induces a unique conformation of the CDK9 hinge C-terminus, contributing to its high selectivity over other CDKs [1]

C17H18N4O3S

358.414822101593

358.11

C, 56.97; H, 5.06; N, 15.63; O, 13.39; S, 8.94

2237942-08-2

2237942-08-2

137333456

White to off-white solid powder

4.7

142

2

7

4

25

543

3

C1C[C@H]2C[C@@H]1C[C@@H]2NC3=NC(=C(S3)C(=O)C4=CC=CC=C4[N+](=O)[O-])N

JRNXAQINDCOHGS-SCVCMEIPSA-N

InChI=1S/C17H18N4O3S/c18-16-15(14(22)11-3-1-2-4-13(11)21(23)24)25-17(20-16)19-12-8-9-5-6-10(12)7-9/h1-4,9-10,12H,5-8,18H2,(H,19,20)/t9-,10+,12+/m1/s1

[4-amino-2-[[(1S,2S,4R)-2-bicyclo[2.2.1]heptanyl]amino]-1,3-thiazol-5-yl]-(2-nitrophenyl)methanone

MC180295; MC 180295; MC-180295

2934.99.9001

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。

Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

DMSO: 72~100 mg/mL (200.9~279.0 mM)
Ethanol: ~72 mg/mL (200.9 mM)

注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。

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注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。

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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

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口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。

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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

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注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

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请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。