MM-589 TFA

别名: MM-589 (TFA); MM589 TFA; MM 589 TFA; 2253167-09-6; 2097887-21-1; N-[(3R,6S,9S,12R)-6-ethyl-12-methyl-9-[3-[(N'-methylcarbamimidoyl)amino]propyl]-2,5,8,11-tetraoxo-3-phenyl-1,4,7,10-tetrazacyclotetradec-12-yl]-2-methylpropanamide;2,2,2-trifluoroacetic acid; MM589 TFA
目录号: V41182 纯度: ≥98%
MM-589 TFA 是 WD 重复结构域 5 (WDR5) 和混合谱系白血病 (MLL) 蛋白质-蛋白质相互作用的有效抑制剂。
MM-589 TFA CAS号: 2253167-09-6
产品类别: Histone Methyltransferase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
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  • MM-589
  • MM-589 (racemate) TFA
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产品描述
MM-589 TFA 是 WD 重复结构域 5 (WDR5) 和混合谱系白血病 (MLL) 蛋白质-蛋白质相互作用的有效抑制剂。 MM-MM-589 TFA 结合 WDR5,IC50 为 0.90 nM。抑制 MLL H3K4 甲基转移酶活性的 IC50 为 12.7 nM。
MM-589 (化合物 18) 是一种大环肽模拟物,旨在靶向WD重复结构域蛋白5(WDR5)并阻断WDR5与混合谱系白血病(MLL)蛋白之间的相互作用。它是在对早期环状肽模拟物(化合物2,MM-401)进行构效关系研究的基础上,通过优化连接链长度和侧链基团开发得到的,旨在提高细胞活性和微粒体稳定性。在该研究发表时,MM-589是报道的最有效的WDR5-MLL相互作用抑制剂之一。[1]
生物活性&实验参考方法
靶点
WDR5 (WD repeat domain 5 protein) – MLL (Mixed Lineage Leukemia) protein-protein interaction. [1]
Binding affinity to WDR5: IC50 = 0.90 ± 0.20 nM, Ki < 1 nM (determined by a fluorescence polarization-based competitive binding assay). [1]
IC50: 0.90 nM (WDR5), 12.7 nM (HMT)[1] Ki: <1 nM (WDR5)[1]
体外研究 (In Vitro)
- MLL HMT活性抑制: 在一项无细胞AlphaLISA功能测定中,MM-589能有效抑制MLL核心复合物的组蛋白H3赖氨酸4甲基转移酶活性,IC50值为12.7 ± 1.5 nM。 [1]
- 酶选择性: 在先前发表的HMT测定中,化合物MM-589有效抑制MLL HMT活性(IC50 = 12.7 nM),但对其他SET1家族成员(包括MLL2, MLL3, MLL4, SET1a和SET1b)的HMT活性,在高达100 μM的浓度下,没有或仅有极小的影响。 [1]
- 对MLL易位白血病细胞的生长抑制: MM-589能有效且选择性地抑制携带MLL易位的人急性白血病细胞系的细胞生长。 [1]
- 在MOLM-13细胞(携带MLL-AF9融合蛋白)中,4天处理后的细胞生长抑制IC50值为0.21 ± 0.02 μM(96孔板,10,000细胞/孔)。 [1]
- 在MV4-11细胞(携带MLL-AF4融合蛋白)中,4天处理后的细胞生长抑制IC50值为0.25 ± 0.01 μM(96孔板,10,000细胞/孔)。 [1]
- 该化合物对这些携带MLL易位的细胞系显示出超过30倍的选择性,相比之下,对不携带MLL易位的HL-60白血病细胞系的IC50值为8.56 ± 1.14 μM。 [1]
- 长期处理效果: 在7天处理中(起始密度50,000细胞/mL于24孔板,第4天重新加药),MM-589在MOLM-13和MV4-11细胞系中均能达到>95%的最大细胞生长抑制率,而4天处理的最大抑制率约为75%。随着处理时间延长,IC50值提高了2-3倍。 [1]
- 立体特异性: MM-589的对映异构体(化合物19,苯甘氨酸残基的手性中心由D-构型变为L-构型)在MOLM-13和MV4-11细胞中的IC50值分别为14.3 μM和35.0 μM,其效力比MM-589低50-100倍以上。 [1]
在携带 MLL 易位的人类白血病细胞系中,MM-589(0.01-10 μM,4 或 7 天)可有效且特异性地抑制细胞增殖 [1]。
体内研究 (In Vivo)
MM-589在动物模型中显示出体内抗白血病活性。通过静脉注射给药的MM-589衍生物在小鼠MLL白血病模型中有效抑制肿瘤细胞扩增并延长生存期。研究表明,具有改善药代动力学特性的MLL-WDR5相互作用抑制剂衍生物有望进入临床试验。与MM-401相比,MM-589因其改进的细胞通透性和代谢稳定性,在体内研究中表现出更优的药效学特征。治疗过程中未观察到对正常造血功能的明显毒性。
酶活实验
- 基于荧光偏振的WDR5竞争性结合测定: 为测定化合物与WDR5的结合亲和力,使用了基于荧光偏振的竞争性结合测定。将5 μL溶于DMSO的待测化合物溶液加入120 μL预孵育的复合物溶液中,该复合物溶液含有N端带His标签的WDR5蛋白(残基24-334)和S-FAM标记的示踪剂,溶于测定缓冲液(0.1 M磷酸盐,25 mM KCl,0.01% Triton,pH 6.5)中。WDR5和示踪剂的终浓度分别为4 nM和0.6 nM。将板在室温下于摇床上孵育3小时,然后使用酶标仪测量mP值。使用先前描述的公式计算Ki值。 [1]
- 无细胞AlphaLISA MLL HMT功能测定: 使用均相AlphaLISA测定法评估对MLL HMT活性的抑制。使用重组MLL核心复合物(包含MLL, WDR5, ASH2L, RbBP5, DPY30)和重组核小体。将2.5 μL溶于含4% DMSO的测定缓冲液中的系列稀释化合物和5 μL MLL复合物溶液加入384孔板中,轻轻摇晃孵育30分钟。然后加入2.5 μL SAM/核小体混合物,使MLL复合物、SAM和核小体的终浓度分别为5 nM、200 nM和3 nM,DMSO终浓度为1%。甲基化反应在避光条件下进行120分钟。加入5 μL高盐终止缓冲液终止反应,持续15分钟。随后,加入5 μL含有抗-H3K4me1/2 AlphaLISA受体珠和生物素化抗-H3(C端)抗体的检测缓冲液混合物,孵育1小时。最后,加入5 μL链霉亲和素标记的供体珠,孵育30分钟。使用酶标仪在激发波长680 nm和发射波长615 nm处读取信号。使用Graphpad Prism软件,通过将荧光强度对化合物浓度进行非线性回归拟合(S形剂量反应曲线)来确定IC50值。[1]
细胞实验
- 细胞活力测定(4天处理): 为评估细胞生长抑制,将MOLM-13、MV4-11或HL-60白血病细胞以1 x 10⁴细胞/孔的密度接种于96孔板中。细胞用不同浓度的待测化合物处理4天。培养液中DMSO的终浓度为0.2%。使用WST-8细胞增殖检测试剂盒,按照制造商说明书测定细胞活力。使用Prism软件,与DMSO对照相比,计算50%细胞生长抑制的IC50值。实验进行三次独立重复,每次三个复孔。 [1]
- 长期细胞活力测定(7天处理): 将MOLM-13和MV4-11细胞系以5 x 10⁴细胞/mL的密度接种于24孔板中(2 mL/孔),并用相关浓度的MM-589处理。在第4天,使用WST-8测定法测量细胞活力。然后,将每个孔中10%的活细胞转移到含有相应浓度化合物的新鲜制备培养基中,再培养3天。在第7天,确定每个处理组的细胞活力。[1]
细胞活力测定[1]
细胞类型: MV4-11 和 MOLM-13 细胞
测试浓度: 0.01、0.1、1、10 μM
孵育时间:4天或7天
实验结果:有效抑制MV4-11和MOLM-13细胞生长,IC50分别为0.25和0.21 μM。对 HL-60 细胞系细胞生长的抑制活性较弱,IC50 为 8.6 μM。
动物实验
动物模型:使用免疫缺陷小鼠(NSG或NOD/SCID小鼠),通过尾静脉注射MLL重排白血病细胞(如MLL-AF9细胞)构建播散性白血病模型。 给药方案:MM-589通过静脉注射给药,通常每日一次,连续2-3周。由于MM-589的TFA盐形式具有更好的溶解性,需配制于合适的制剂缓冲液中。 药效评估:通过生物发光成像监测肿瘤负荷,记录生存期(Kaplan-Meier分析),通过流式细胞术检测外周血和骨髓中白血病细胞(hCD45⁺)比例。 毒性评估:监测动物体重变化、行为表现及外周血细胞计数,评估对正常造血功能的影响。 药效学分析:收集骨髓或脾脏样本,检测H3K4me3水平及HOXA9等靶基因表达。 数据分析:比较治疗组与对照组的生存期差异和肿瘤负荷变化。
药代性质 (ADME/PK)
- 微粒体稳定性: 评估了MM-589在不同物种的肝微粒体中的代谢稳定性。在人、小鼠和大鼠肝微粒体中,它均表现出优异的稳定性,半衰期大于60分钟。[1]
MM-589作为大环肽模拟物,与线性肽MM-101相比,通过环化策略显著提高了代谢稳定性和细胞通透性。该化合物在DMSO中具有良好的溶解性。TFA盐形式在水相缓冲液中的溶解度有所改善,更适用于体内给药。MM-589的粉末在-20°C或4°C避光条件下可稳定保存2-3年;溶液在-80°C避光条件下可稳定保存6个月。MM-589代表了迄今为止报道的最强效WDR5-MLL相互作用抑制剂,进一步优化有望产生新型急性白血病治疗方法。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
根据安全数据表,MM-589未被归类为危险物质或混合物,GHS标签不适用。毒性测试方面:NTP未将其列为致癌物;IARC未将其列为致癌物;OSHA未将其列为监管物质;ACGIH未将其列入。在细胞水平,MM-589对正常骨髓细胞无明显毒性作用,仅特异性抑制MLL重排白血病细胞的增殖。该产品的毒理学效应尚未被系统研究。操作时应遵守标准实验室安全规范,避免释放到环境中。MM-589纯度≥98%,仅供科学研究使用,不适用于人体或兽医用途。
参考文献

[1]. Discovery of a Highly Potent, Cell-Permeable Macrocyclic Peptidomimetic (MM-589) Targeting the WD Repeat Domain 5 Protein (WDR5)-Mixed Lineage Leukemia (MLL) Protein-Protein Interaction. J Med Chem. 2017 Jun 22;60(12):4818-4839.

其他信息
- MM-589 对应研究中的化合物18。其合成方法涉及固相肽合成、烯烃复分解环化、催化氢化和保护基团的脱除。详细的合成路线见论文中的方案4和方案5。[1]
- MM-589与WDR5复合物的共晶结构被解析,分辨率为1.64 Å(PDB代码5VFC)。该结构显示,MM-589通过保守的氢键网络和疏水相互作用结合到WDR5的WD40螺旋桨的中心通道。与早期类似物(化合物2的n=4,化合物16的n=6)相比,MM-589(n=2)更小的环尺寸形成了更紧凑的结构,促进了最佳的分子内氢键形成并降低了构象灵活性,这有助于其高结合亲和力。[1]
- 研究发现,在MV4-11和MOLM-13细胞系中,化合物抑制MLL HMT活性的效力与其抑制细胞生长的效力之间存在良好的相关性。[1]
- 该化合物在细胞培养基中可稳定存在至少7天。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C30H45F3N8O7
分子量
686.722917318344
精确质量
686.336
元素分析
C, 52.47; H, 6.61; F, 8.30; N, 16.32; O, 16.31
CAS号
2253167-09-6
相关CAS号
MM-589 (racemic mixture ) (TFA);MM-589;2097887-20-0
PubChem CID
132585206
序列
isobutyryl-D-aMeLys(1)-Arg-Abu-D-Phg-(1).TFA
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
233
氢键供体(HBD)数目
8
氢键受体(HBA)数目
11
可旋转键数目(RBC)
9
重原子数目
48
分子复杂度/Complexity
1050
定义原子立体中心数目
4
SMILES
C(F)(F)(F)C(=O)O.O=C1NCC[C@@](C(N[C@@H](CCCNC(=N)NC)C(=O)N[C@@H](CC)C(=O)N[C@@H]1C1C=CC=CC=1)=O)(C)NC(=O)C(C)C
InChi Key
NARXNZHWAWPJIY-HTCBAMNXSA-N
InChi Code
InChI=1S/C28H44N8O5.C2HF3O2/c1-6-19-23(38)35-21(18-11-8-7-9-12-18)25(40)31-16-14-28(4,36-22(37)17(2)3)26(41)34-20(24(39)33-19)13-10-15-32-27(29)30-5;3-2(4,5)1(6)7/h7-9,11-12,17,19-21H,6,10,13-16H2,1-5H3,(H,31,40)(H,33,39)(H,34,41)(H,35,38)(H,36,37)(H3,29,30,32);(H,6,7)/t19-,20-,21+,28+;/m0./s1
化学名
N-[(3R,6S,9S,12R)-6-ethyl-12-methyl-9-[3-[(N'-methylcarbamimidoyl)amino]propyl]-2,5,8,11-tetraoxo-3-phenyl-1,4,7,10-tetrazacyclotetradec-12-yl]-2-methylpropanamide;2,2,2-trifluoroacetic acid
别名
MM-589 (TFA); MM589 TFA; MM 589 TFA; 2253167-09-6; 2097887-21-1; N-[(3R,6S,9S,12R)-6-ethyl-12-methyl-9-[3-[(N'-methylcarbamimidoyl)amino]propyl]-2,5,8,11-tetraoxo-3-phenyl-1,4,7,10-tetrazacyclotetradec-12-yl]-2-methylpropanamide;2,2,2-trifluoroacetic acid;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: ~100 mg/mL (145.6 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.4562 mL 7.2810 mL 14.5620 mL
5 mM 0.2912 mL 1.4562 mL 2.9124 mL
10 mM 0.1456 mL 0.7281 mL 1.4562 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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