| 规格 | 价格 | |
|---|---|---|
| 500mg | ||
| Other Sizes |
| 靶点 |
Precursor messenger ribonucleic acid (pre-mRNA) spliceosome
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| 体外研究 (In Vitro) |
剪接体蛋白的体细胞突变导致RNA剪接失调，并在多种癌症中观察到。这些基因畸变可能为靶向治疗提供一个潜在的干预点。SF3B1是U2小核RNP （snRNP）的一部分，是剪接调节剂的靶标，包括第一个进入临床试验的E7107，以及最近的H3B-8800。调制剪接代表了药物发现的一流机会，阐明作用模式的结构基础为基于结构的药物设计开辟了新的可能性。在这里，我们展示了SF3b亚复合物（SF3B1, SF3B3， PHF5A和SF3B5）在3.95 Å与E7107结合的低温电镜（cro - em）结构。该结构表明，E7107结合在分支点腺苷结合囊中，与赋予突变抗性的关键残基SF3B1R1074H和PHF5AY36C形成密切接触。该结构表明剪接调节剂干扰分支点腺苷识别并支持底物竞争作用机制（MOA）。使用几种相关的化学探针，我们验证了化合物的姿势，并通过比较它们对强和弱pre-mRNA底物的活性来支持它们的底物竞争性MOA。最后，我们提出了PHF5AR38C突变的功能数据和结构-活性关系（SAR），该突变使细胞对某些化学探针敏感，而对其他化学探针不敏感。开发小分子剪接调节剂代表了一种有希望的治疗多种疾病的方法，这项工作为这些复杂的天然产物的基于结构的药物设计提供了重要的一步。重要的是，这项工作还表明，冷冻电镜在药物发现中的应用正在成熟。[1]
相对于非致瘤性前列腺上皮细胞RWPE1， Ca细胞对E7107表现出优先敏感性，其中PC3比LNCaP细胞更敏感（图8a和补充图13d）。用Pladienolide B进行的实验证实PC3是最敏感的谱线（图8b）。虽然长期E7107治疗（6~7天）诱导大量细胞死亡（图8a和补充图13d），但较短的治疗（<3天）通常会引起有限的凋亡，反而会在细胞周期的G2/M期阻止PCa细胞（图8c）。通过Boyden chamber（图8d和补充图13e）和scratchwound（补充图13f）检测，E7107处理PCa细胞20~48小时也能抑制细胞迁移和侵袭。重要的是，用5 nM E7107处理PCa细胞6小时后，可显著重塑所选基因的剪接模式（Supplementary Fig. 13g），表明该药物具有靶向作用。［２］ E7107分子逆转PCa细胞侵袭性[2] 为了揭示E7107在PCa中的作用机制，我们用该药物处理LNCaP和PC3细胞6小时，然后进行RNA-seq分析（图8e）。在细胞生长中未观察到明显缺陷（补充图14a），但正如预期的那样，E7107在两种细胞类型中均显著抑制as（图8e），其中SE是主要受影响的类型（图8f）。测序数据的刺身图可视化和RT-PCR验证了剪接分析（图8g和补充图14b）。对PC3细胞中E7107抑制显著SE事件的前1000个基因的氧化石墨烯分析揭示了许多与促癌功能相关的氧化石墨烯术语，例如细胞周期和增殖、DNA修复、剪接和癌症途径（补充图14c和补充数据6），表明E7107抑制了一部分促癌基因的剪接。在基因表达水平上，E7107重塑了转录组，并表现出轻微的转录抑制作用，尤其是在LNCaP细胞中（图8e和补充数据7）。qRT-PCR分析验证了RNA-seq中鉴定的DEGs（补充图14d）。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
剪接体调节剂E7107在异种移植和原生前列腺癌模型中逆转癌症侵袭性并抑制去势抵抗性前列腺癌（CRPC）。[2]
剪接体抑制在体内治疗CRPC [2] 我们用E7107或载药处理了三种不同的抗去势（AI） PCa异种移植模型，即AR+/hi LNCaP-AI， AR - /lo LAPC9-AI和AR - PC3（图9a）。将相应亲本AD肿瘤细胞序列传代至去势免疫缺陷小鼠，建立LNCaP-AI和LAPC9-AI模型。LNCaP-AI最初对Enza有反应，但很快就变得耐药，而LAPC9-AI对新生Enza难治。用一个周期（即连续5天尾静脉注射）或两个周期（两个周期之间有1周的药物休息时间）治疗LAPC9-AI肿瘤均能有效抑制肿瘤生长（图9b、c和左补图15a、b）。同样，用两个周期的E7107（图9d和补充图15c，左）和用一个周期的E7107（图9e和补充图15d，左）治疗AR+/hi LNCaP-AI小鼠的PC3异种移植物也抑制了肿瘤生长。虽然观察到E7107有一定程度的毒性，但治疗小鼠在停止治疗后一周内恢复正常体重（补充图15a-d，右）。终点肿瘤通常表现为分化程度更高的形态，表现为细胞增大和多核（补充图15e）。 E7107抑制转基因Hi-Myc PCa模型的进展[2] 由于Myc过表达和功能是PCa的一个关键的早期致癌驱动因素，许多srg与Myc基因共同扩增，Myc驱动的淋巴瘤易受剪接体干扰，我们用E7107治疗Myc驱动的小鼠PCa （Hi-Myc肿瘤）（图10a），并观察到E7107对Hi-Myc肿瘤的显著抑制作用（图10b）。整片图像的组织学检查显示，载体处理的前列腺中有大面积的ad，经常融合(图10c；顶部，实心圆)。相比之下，大多数e7107处理的Hi-Myc前列腺包含缩小的肿瘤区域和突出的良性和增生性腺体（图10c，底部虚线圈和图10d， e）。免疫组织化学（IHC）分析显示，e7107处理的动物的良性/增生性腺体在药物处理的肿瘤中表达AR和MYC的水平相似（图10d， e）。在e7107处理的前列腺中，良性/增生性腺体呈现异质性，Ki-67+细胞普遍减少（图10f）。 |
| 酶活实验 |
首先将SF3b亚复合物与固定浓度（25 nM）的荧光标记物（NTA-647）进行滴定，以确定MST实验的最佳蛋白和标记浓度。室温孵育15分钟后，将样品装入Monolith NT.115毛细血管，使用Monolith NT.115Pico进行MST分析。测定NTA-647的KD为8 nM。在后续的化合物结合实验中，将与NTA-647结合的SF3b亚复合物固定在10 nM处，并将化合物从50µM滴定至3 pM。孵育15分钟后，将样品装入毛细血管，并按照前面所述进行分析。与E7107相互作用的KD值为3.6 nM。同样的分析应用于PHF5AY36C突变复合物，未检测到E7107的结合。[1]
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| 细胞实验 |
创面愈合、迁移和侵袭试验[2]
对于伤口愈合试验，让六孔培养皿中的PCa细胞生长到80~90%的合流，并使用灭菌的尖端在培养皿底部引入具有相同宽度的划痕“伤口”。作为技术复制，我们通常在每口井制作两个划痕伤口，并在每口井的多个显微镜视图下记录伤口闭合情况。根据细胞类型不同，分别在损伤后0和20-48 h采集图像。所示数据为三个独立重复的代表性数据。此外，根据制造商的说明，使用Boyden室进行细胞迁移和侵袭试验。简单地说，将PCa细胞装入腔室，在含有或不含不同浓度E7107的培养基中培养1-2天，并通过PROTOCOL™Hema 3染色试剂盒 显示结果。膜的图像由奥林巴斯IX71捕获。根据至少5张10×图像的细胞数计数对数据进行量化。 |
| 动物实验 |
E7107药物治疗[2]
所有体外实验中，E7107均溶于二甲基亚砜。体内给药时，E7107溶于载体（10%乙醇和5% Tween-80的无菌PBS溶液），并以5 mg/kg/天（d）的剂量经尾静脉注射给药。荷瘤小鼠连续给药5天（即一个疗程）或10天（两个疗程之间有7天的“药物假期”）。此前，4 mg/kg/d的剂量曾用于治疗血液疾病63。鉴于前列腺癌是一种实体瘤，根据初步研究，公司（H3 Biomedicine）推荐使用5 mg/kg/d的剂量。在异种移植模型药物疗效研究中，当肿瘤体积达到150~200 mm3时，采用1/2（长×宽2）的计算方法进行随机分组。实验期间，每周两次测量动物体重和肿瘤生长情况。实验结束时，收集肿瘤并记录肿瘤发生率、重量和肉眼图像。体内药物研究和数据分析均未采用盲法。对于 CRPC 异种移植模型的 RNA-seq 分析，首先将肿瘤细胞植入去势雄性小鼠体内，待肿瘤体积达到 150~200 mm³ 时进行随机分组，随后进行一个周期的 E7107 治疗。在连续五次注射 E7107 后，于最后一次注射后 4 小时处死小鼠并收集肿瘤。对于 FVB Hi-Myc 肿瘤的 E7107 治疗，将 42 周龄（腺瘤完全发育时）的雄性小鼠随机分为两组（分别为 n = 16 和 n = 17）。动物经尾静脉注射一个疗程的E7107（5 mg/kg/d）或载体（与异种移植治疗相同），连续5天，随后停药1周，并在44周时进行另一个疗程的5天治疗（图10a）。所有动物均在第46周处死，分离泌尿生殖道和前列腺并称重。将前列腺全组织标本进行HE染色和IHC（MYC、AR和Ki67）染色，并进行Aperio Scanscope分析。[2] |
| 参考文献 |
[1]. The cryo-EM structure of the SF3b spliceosome complex bound to a splicing modulator reveals a pre-mRNA substrate competitive mechanism of action. Genes Dev. 2018 Feb 1;32(3-4):309-320.
[2]. Intron retention is a hallmark and spliceosome represents a therapeutic vulnerability in aggressive prostate cancer. Nat Commun. 2020 Apr 29;11:2089. |
| 其他信息 |
E7107 已用于癌症治疗研究的临床试验中。
普拉地诺内酯衍生物 E7107 是普拉地诺内酯 D 的合成氨基甲酸酯衍生物，具有潜在的抗肿瘤活性。普拉地诺内酯衍生物 E7107 由 12 元大环内酯普拉地诺内酯 D 生成，普拉地诺内酯 D 是源自链霉菌 Mer-11107 的几种大环内酯类化合物之一。该化合物似乎与剪接因子 3b (SF3b) 的 130 kDa 亚基 3（剪接体相关蛋白 130；SAP130）结合，从而抑制前体信使 RNA 的剪接并阻滞细胞周期进程。剪接因子 SF3b 是一种多蛋白复合物，对于从前体信使 RNA 中精确切除内含子至关重要；亚基SAP130与U2 snRNP结合，并被募集到剪接前体复合物中。mRNA选择性剪接（AS）失调在实体瘤发生发展中的作用尚待阐明。本文首次全面描述了人类前列腺癌（PCa）演化过程中的AS图谱。我们发现剪接失调的严重程度与疾病进展相关，并将内含子保留确立为PCa干细胞特性和侵袭性的标志。对274个剪接调控基因（SRG）的系统性分析揭示了普遍存在的基因组拷贝数变异（CNV），导致约68%的SRG在PCa发生发展过程中出现错误表达。因此，许多SRG具有预后价值。令人惊讶的是，雄激素受体控制的剪接程序与其转录调控机制截然不同。剪接体调节剂 E7107 可逆转癌症侵袭性，并在异种移植和自体前列腺癌模型中抑制去势抵抗性前列腺癌 (CRPC)。总之，我们的研究表明，由 SRG 失调引起的异常 AS 图谱是前列腺癌侵袭性的标志，而剪接体是 CRPC 的治疗靶点。[2] |
| 分子式 |
C40H66N2O9
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|---|---|
| 分子量 |
718.97
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| 精确质量 |
718.477
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| 元素分析 |
C, 66.82; H, 9.25; N, 3.90; O, 20.03
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| CAS号 |
630100-90-2
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| 相关CAS号 |
630100-90-2;
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| PubChem CID |
16202132
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| 外观&性状 |
Typically exists as solid at room temperature
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| LogP |
4.925
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| tPSA |
152.53
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| 氢键供体(HBD)数目 |
4
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| 氢键受体(HBA)数目 |
10
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| 可旋转键数目(RBC) |
11
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| 重原子数目 |
51
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| 分子复杂度/Complexity |
1220
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| 定义原子立体中心数目 |
10
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| SMILES |
CC[C@@H]([C@@H](C)[C@@H]1[C@H](O1)C[C@](C)(/C=C/C=C(\C)/[C@@H]2[C@H](/C=C/[C@@H]([C@](CC[C@H](CC(=O)O2)O)(C)O)OC(=O)N3CCN(CC3)C4CCCCCC4)C)O)O
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| InChi Key |
MNOMBFWMICHMKG-MGYWSNOQSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C40H66N2O9/c1-7-32(44)29(4)37-33(49-37)26-39(5,47)19-12-13-27(2)36-28(3)16-17-34(40(6,48)20-18-31(43)25-35(45)51-36)50-38(46)42-23-21-41(22-24-42)30-14-10-8-9-11-15-30/h12-13,16-17,19,28-34,36-37,43-44,47-48H,7-11,14-15,18,20-26H2,1-6H3/b17-16+,19-12+,27-13+/t28-,29+,31+,32-,33+,34-,36+,37+,39-,40+/m0/s1
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| 化学名 |
[(2S,3S,4E,6S,7R,10R)-7,10-Dihydroxy-2-[(2E,4E,6R)-6-hydroxy-7-[(2R,3R)-3-[(2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl]oxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-3,7-dimethyl-12-oxo-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate
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| 别名 |
E-7107; E7107; E7107; 630100-90-2; UNII-R60DZX1E2N; R60DZX1E2N; E 7107; [(2S,3S,4E,6S,7R,10R)-7,10-dihydroxy-2-[(2E,4E,6R)-6-hydroxy-7-[(2R,3R)-3-[(2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl]oxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-3,7-dimethyl-12-oxo-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate; 1-Piperazinecarboxylic acid, 4-cycloheptyl-, (2S,3S,4E,6S,7R,10R)-7,10-dihydroxy-2-((1E,3E,5R)-5-hydroxy-6-((2R,3R)-3-((1R,2S)-2-hydroxy-1-methylbutyl)oxiranyl)-1,5-dimethyl-1,3-hexadienyl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl ester; (3R,6R,7S,8E,10S,11S,12E,14E,16R,18R,19R,20R,21S)-7-[(4-cycloheptylpiperazin-1-yl)carbonyl]oxy-3,6,16,21-tetrahydroxy-6,10,12,16,20-pentamethyl-18,19-epoyxtrichosa-8,12,14-trien-11-olide; E 7107
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.3909 mL | 6.9544 mL | 13.9088 mL | |
| 5 mM | 0.2782 mL | 1.3909 mL | 2.7818 mL | |
| 10 mM | 0.1391 mL | 0.6954 mL | 1.3909 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
奈莫雷生盐酸盐
E55888 HCL
FITC-Dextran (MW 110000)
FITC-Dextran (MW 2000000)
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