IDR 1002

别名: IDR 1002; 1224095-25-3; IDR-1002
目录号: V60434 纯度: ≥98%
IDR 1002 是一种 IPO-38 抗体标记蛋白。
IDR 1002 CAS号: 1224095-25-3
产品类别: Peptides | 多肽
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格
1mg
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产品描述
IDR 1002 是一种 IPO-38 抗体标记蛋白。 IDR 1002 催化精氨酸转化为瓜氨酸。 IDR 1002 可用于研究组蛋白瓜氨酸修饰在癌症生物学中的作用。
生物活性&实验参考方法
靶点
Chemokine; Antibiotic; antibacterial; Synthetic cationic peptide; Innate defense modulator/peptide
体外研究 (In Vitro)
免疫调节剂(如合成的先天防御调节因子(IDR)肽)对免疫系统的调节已被提出作为加强宿主对感染的免疫反应的潜在策略。IDR肽在体内对一系列细菌感染具有保护作用,并且由于其调节先天免疫的能力,已被开发为单剂量疫苗佐剂的成分,这与单核细胞在感染或免疫部位的募集增加有关。然而,IDR肽增强单核细胞募集的机制尚不清楚。抗感染肽IDR-1002在这里被证明缺乏直接的单核细胞趋化活性,但将人单核细胞在纤维连接蛋白上向趋化因子迁移的能力提高了5倍。这种效应与单核细胞和THP-1细胞通过IDR-1002和其他IDR肽增加对纤维连接蛋白的粘附有关,THP-1细胞以β(1)-整合素依赖的方式粘附纤维连接蛋白,与β(1”-整合素和磷酸肌醇3-激酶(PI3K)-Akt途径的激活增加相对应。PI3K和Akt特异性抑制剂消除了IDR-1002诱导的粘附和β(1)-整合素的激活,而p38和MEK1抑制剂分别不影响或中度抑制粘附。此外,在PI3K和Akt特异性抑制剂的存在下,IDR-1002对单核细胞向趋化因子迁移和β(1)-整合素激活的增强作用被消除。总之,IDR-1002通过促进由PI3K-Akt通路调节的β(1)-整合素介导的相互作用,增强了单核细胞在纤维连接蛋白上的迁移,揭示了IDR-1002促进单核细胞募集的机制[1]。
细胞实验
纤维连接蛋白迁移试验[1]
所有迁移试验均使用48孔微止血室进行。将新鲜富集的人外周血单核细胞用1%FBS调节至RPMI 1640,并在37°C下孵育1小时。对于抑制剂研究,单核细胞以指定浓度用化学抑制剂或DMSO载体对照预处理1小时。同样,在β1-整联蛋白阻断实验中,用20µg/ml的HUTS-4阻断抗体或同种型匹配的小鼠IgG1对照抗体预处理单核细胞1小时;将5×104个单核细胞添加到腔室的上部孔中,并将含有1%FBS的RPMI 1640中指示浓度的趋化因子添加到下部孔中。含有RPMI 1640和1%FBS的下井用作阴性对照。在IDR-1002-趋化因子协同作用研究中,通过在上孔和下孔中添加肽来避免浓度梯度,从而用IDR-1002进行治疗。上孔和下孔由直径为5-µm的聚碳酸酯膜隔开。在4°C下用50µg/ml的纤维连接蛋白预涂膜过夜,用PBS洗涤并在使用前风干。孵育1小时后,通过PBS洗涤和用橡胶刀片刮擦去除未迁移的单核细胞,并用Diff-Quick染色试剂盒对膜下侧的粘附细胞进行染色。

类似地进行了对照实验,评估了IDR-1002对单核细胞迁移的影响,而不依赖于趋化因子。为了研究IDR-1002的任何直接趋化特性,将不同浓度的IDR-1002添加到趋化室的下部孔中,并用未涂层的聚碳酸酯膜与含单核细胞的室分离。同样,通过在趋化运动实验中向上孔和下孔添加指定量的肽,以及在趋化性实验中单独向下孔添加肽,进行了研究IDR-1002在纤连蛋白系统中的趋化或化学动力学特性的迁移实验。然后用纤维连接蛋白涂覆的聚碳酸酯膜分离孔,并使用上述方法进行处理。

每种处理的迁移是通过在5个场上平均每个HPF的迁移细胞数来测量的,每种处理条件重复两次。通过将每种处理的每HPF的平均细胞计数除以单独在培养基中基础迁移的每HPF的平均细胞数来计算对照值的倍数变化。
参考文献
[1]. A Novel Citrullinated Modification of Histone 3 and Its Regulatory Mechanisms Related to IPO-38 Antibody-Labeled Protein. Front Oncol. 2019 Apr 18;9:304.
其他信息
尽管本研究主要关注IDR-1002通过“由内而外”激活PI3K-Akt通路来调节β1整合素亲和力的能力,但该通路还可以通过其他机制调节整合素功能。已知PI3K-Akt通路能够促进内吞整合素向细胞表面的再循环,但IDR-1002对细胞表面总β1整合素水平无影响,因此这不太可能是IDR-1002增强细胞黏附作用的解释。然而,我们不能排除PI3K-Akt通路通过促进整合素的迁移和聚集来增强整合素亲和力的可能性。考虑到IDR肽和天然肽对细胞信号传导的多种影响,以及信号网络内部相互作用的复杂性,IDR-1002可能通过串扰影响其他信号网络。例如,在多种细胞模型中,PI3K已被证实能够激活多种小GTP酶和磷脂酶C,而这些小GTP酶和磷脂酶C是整合素激活中最受关注的介质之一。同样,已知IDR-1002利用的其他信号通路也会影响PI3K-Akt通路,包括G蛋白偶联受体诱导的网络。尽管存在这些复杂性,我们仍提出PI3K-Akt通路是IDR-1002调节β1整合素功能并随后增强单核细胞迁移和黏附于纤连蛋白的关键。
单核细胞在组织内黏附和迁移于纤连蛋白只是协调整体白细胞浸润过程的一个环节。本研究揭示了IDR-1002促进单核细胞向感染部位迁移的其他潜在机制。 IDR-1002 的 β1 整合素激活特性可能对单核细胞募集的其他阶段具有影响。VLA-4 是 β1 整合素家族成员,是内皮细胞上 VCAM-1 的已知受体,在细胞滚动、牢固黏附和跨内皮迁移中发挥重要作用。此外,由于 β1 整合素与其他整合素家族成员的调控机制存在诸多相似之处,因此可以推测 IDR 肽可能影响整合素介导的黏附和迁移的其他阶段。事实上,我们观察到 IDR-1002 可促进 THP-1 细胞黏附于 ICAM-1 [未发表]。数据],β2整合素介导的相互作用对于单核细胞在内皮层上的滞留和黏附至关重要。
总之,我们证实IDR肽可通过激活PI3K-Akt通路增强β1整合素的功能,从而促进单核细胞黏附和迁移至纤连蛋白。本研究揭示了IDR肽在促进整合素介导的单核细胞黏附于纤连蛋白以及协同增强单核细胞向宿主趋化因子迁移方面的新功能,进一步拓展了IDR肽的免疫调节作用范围。单核细胞黏附不仅与单核细胞募集有关,而且在宿主免疫反应的许多方面都发挥着广泛的调节作用,包括伤口愈合、细胞分化和组织稳态等。了解 IDR 肽如何通过影响细胞信号网络来调节单核细胞的迁移、粘附和整合素功能,将有助于开发和优化具有改进的抗感染和免疫调节功能的新型药物。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C79H132N26O13
分子量
1654.05979537964
精确质量
1651.031
元素分析
C, 57.43; H, 7.93; N, 22.04; O, 12.59
CAS号
1224095-25-3
PubChem CID
166603919
序列
H-Val-Gln-Arg-Trp-Leu-Ile-Val-Trp-Arg-Ile-Arg-Lys-NH2
Val-Gln-Arg-Trp-Leu-Ile-Val-Trp-Arg-Ile-Arg-Lys-NH2
L-valyl-L-glutaminyl-L-arginyl-L-tryptophyl-L-leucyl-L-isoleucyl-L-valyl-L-tryptophyl-L-arginyl-L-isoleucyl-L-arginyl-L-lysinamide
短序列
VQRWLIVWRIRK-NH2
VQRWLIVWRIRK
H-VQRWLIVWRIRK-[NH2]
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
0.2
tPSA
683
氢键供体(HBD)数目
23
氢键受体(HBA)数目
18
可旋转键数目(RBC)
54
重原子数目
118
分子复杂度/Complexity
3370
定义原子立体中心数目
14
SMILES
CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC3=CNC4=CC=CC=C43)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](C(C)C)N
InChi Key
SEBZWKNTKRJFDZ-BRVBZNILSA-N
InChi Code
InChI=1S/C79H130N26O13/c1-11-44(9)63(75(117)99-54(28-20-34-91-78(86)87)66(108)95-52(65(83)107)26-17-18-32-80)104-69(111)55(29-21-35-92-79(88)89)97-70(112)59(38-47-40-94-51-25-16-14-23-49(47)51)102-74(116)62(43(7)8)103-76(118)64(45(10)12-2)105-72(114)57(36-41(3)4)100-71(113)58(37-46-39-93-50-24-15-13-22-48(46)50)101-67(109)53(27-19-33-90-77(84)85)96-68(110)56(30-31-60(81)106)98-73(115)61(82)42(5)6/h13-16,22-25,39-45,52-59,61-64,93-94H,11-12,17-21,26-38,80,82H2,1-10H3,(H2,81,106)(H2,83,107)(H,95,108)(H,96,110)(H,97,112)(H,98,115)(H,99,117)(H,100,113)(H,101,109)(H,102,116)(H,103,118)(H,104,111)(H,105,114)(H4,84,85,90)(H4,86,87,91)(H4,88,89,92)/t44-,45-,52-,53-,54-,55-,56-,57-,58-,59-,61-,62-,63-,64-/m0/s1
化学名
(2S)-2-[[(2S)-2-amino-3-methylbutanoyl]amino]-N-[(2S)-5-(diaminomethylideneamino)-1-[[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(2S,3S)-1-[[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(2S)-5-(diaminomethylideneamino)-1-[[(2S,3S)-1-[[(2S)-5-(diaminomethylideneamino)-1-[[(2S)-1,6-diamino-1-oxohexan-2-yl]amino]-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-1-oxopentan-2-yl]pentanediamide
别名
IDR 1002; 1224095-25-3;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.6046 mL 3.0229 mL 6.0457 mL
5 mM 0.1209 mL 0.6046 mL 1.2091 mL
10 mM 0.0605 mL 0.3023 mL 0.6046 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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