Zomiradomide (KT-413)

别名: zomiradomide; KT-413; KT413; 2655656-99-6; IRAK degrader-1; N-[2-[4-[[6-[2-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]ethyl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]methyl]cyclohexyl]-5-(2-hydroxypropan-2-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]-6-(trifluoromethyl)pyridine-2-carboxamide; 2655660-58-3;
目录号: V75057 纯度: ≥98%
IRAK degrader-1(示例 I-3)是一种有效的 IRAK 降解剂。
Zomiradomide (KT-413) CAS号: 2655656-99-6
产品类别: IRAK
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
Zomiradomide (KT-413; IRAK degrader-1; 示例 I-3)是一种有效的 IRAK PROTAC降解剂。Zomiradomide (KT‑413) 是首个进入临床开发的双功能靶向蛋白降解剂,被命名为 IRAKIMiD,用于治疗 MYD88 突变型弥漫性大 B 细胞淋巴瘤(DLBCL)。该药通过异双功能 PROTAC 机制降解白介素‑1 受体相关激酶 4(IRAK4),同时通过分子胶机制降解免疫调节药物(IMiD)底物 Ikaros(IKZF1)和 Aiolos(IKZF3)。临床前研究中,KT‑413 在 OCI‑Ly10 细胞中显示出对 IRAK4(DC₅₀ = 6 nM)、Ikaros(DC₅₀ = 1 nM)和 Aiolos(DC₅₀ = 1 nM)的强效降解,并表现出稳健的抗增殖活性(CTG IC₅₀ = 11 nM)。在体内,口服 KT‑413 在 MYD88 突变型 DLBCL 的 OCI‑Ly10 异种移植瘤和患者来源异种移植瘤(PDX)模型中均可诱导肿瘤消退,在临床相关剂量下观察到完全缓解。该药物在临床前物种中具有良好的药代动力学特征,包括低至中等的清除率、良好的口服生物利用度(在非人灵长类中高达 42%),以及在蛋白质组和激酶组中的选择性降解谱。KT‑413 目前正在复发或难治性 B 细胞非霍奇金淋巴瘤患者中进行首次人体 1 期剂量递增研究。
生物活性&实验参考方法
靶点
IRAK4 (DC50=6 nM); CRBN; Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 (IRAK4), Ikaros (IKZF1), Aiolos (IKZF3) [1]
体外研究 (In Vitro)
化合物KT-413 (32) 在OCI-Ly10细胞中显示出对IRAK4、Ikaros和Aiolos的强效降解作用,其半数降解浓度(DC50)分别为6 nM、1 nM和1 nM。IRAK4的最大降解率(DMax)>95%,Ikaros和Aiolos的DMax也>95%。 [1]
在OCI-Ly10细胞中进行为期四天的CellTiter-Glo (CTG) 增殖实验,KT-413 显示出强效的抗增殖活性,半数抑制浓度(IC50)为11 nM。 [1]
在OCI-Ly10细胞中进行的时程实验(41 nM)显示,Ikaros和Aiolos的降解动力学更快,在2小时内达到最大降解率,而IRAK4的最大降解发生在约24小时后,表明该化合物对底物的降解具有层级性,优先降解Ikaros和Aiolos。 [1]
在人PBMC中用KT-413处理24小时的全局蛋白质组学分析显示,IRAK4和五个已知的IMiD底物(IKZF1、IKZF3、ZFP276、ZFP91、WIZ)的选择性减少超过了显著性阈值。另外两个含有锌指结构域的蛋白LPXN和FGD2也显著下调。 [1]
在OCI-Ly10细胞中用KT-413处理2或8小时的蛋白质组学分析显示,I型干扰素反应显著上调,这是IKZF1和IKZF3降解的下游已知效应。在两种细胞类型中,泛必需的IMiD底物GSPT1均未受影响。 [1]
在KINOMEscan筛选平台评估的468种激酶中,KT-413 (32) 显示出高度选择性,其在1 µM浓度下的S(10)评分为0.005。 [1]
体内研究 (In Vivo)
在OCI-Ly10 (MYD88突变) 异种移植瘤模型中,KT-413 (32) 以3、10和30 mg/kg的剂量每日一次口服给药,持续38天,在所有剂量下均观察到肿瘤生长消退,在10和30 mg/kg剂量组中观察到完全缓解。 [1]
在一个携带MYD88 L265P突变和CD79共突变的患者来源异种移植瘤 (PDX) 模型 (LY140019) 中,KT-413 以20 mg/kg的剂量间歇性口服给药(给药3天,停药5天),实现了完全的肿瘤消退。 [1]
酶活实验
用于开发KT-413的IRAK4配体(化合物4)的亲和力被评估,其与IRAK4的结合解离常数(Kd)为0.32 nM,显示出非常强的亲和力。 [1]
使用均相时间分辨荧光(HTRF)法测定了异双功能降解剂对CRBN的亲和力。KT-413 (32) 的CRBN IC50为130 nM。其 (S)- 和 (R)- 对映体(33和34)对CRBN的亲和力也被评估,化合物33(IC50 = 6.3 nM)的亲和力比化合物34(IC50 = 199 nM)高30倍以上。 [1]
使用DiscoverX Kd Elect测定法评估了多种异双功能降解剂对IRAK4的结合亲和力。KT-413 (32) 的IRAK4 Kd为0.17 nM。 [1]
细胞实验
在OCI-Ly10细胞中处理24小时后,使用中尺度发现(MSD)测定法测量IRAK4的降解水平。KT-413 (32) 的IRAK4 DC50为6 nM (DMax >95%)。 [1]
在OCI-Ly10细胞中处理6小时后,使用MSD测定法测量Ikaros和Aiolos的降解水平。KT-413 (32) 的Ikaros DC50为1 nM (DMax >95%),Aiolos DC50为1 nM (DMax >95%)。 [1]
使用为期四天的CellTiter-Glo (CTG) 实验检测OCI-Ly10细胞的活力。KT-413 (32) 的IC50为11 nM。 [1]
在OCI-Ly10细胞中使用41 nM的KT-413 (32) 进行了时程降解实验,在不同时间点测量IRAK4、Ikaros和Aiolos的蛋白水平以确定降解动力学。 [1]
全局蛋白质组学分析在未刺激的人PBMC上进行,细胞用KT-413 (32) 或DMSO处理24小时。细胞被裂解,胰蛋白酶消化后的肽段进行脱盐、TMTpro试剂标记,并通过基于串联质谱标签(TMT)的定量蛋白质组学进行分析。 [1]
为了分析OCI-Ly10细胞的蛋白质组,细胞用KT-413 (32) 处理2或8小时,并使用相同的基于TMT的定量蛋白质组学流程进行分析,以鉴定降解靶标和下游生物学相关变化。 [1]
使用KINOMEscan筛选平台在1 µM浓度下评估了KT-413 (32) 对468种激酶的选择性,其S(10)评分为0.005。 [1]
使用HTRF法测定CRBN亲和力(IC50)。 [1]
动物实验
OCI-Ly10异种移植模型:将人源OCI-Ly10细胞(10 × 10⁶个细胞/只小鼠,溶于0.2 mL 1:1 PBS:Matrigel混合液中)皮下植入6-8周龄雌性CB-17 SCID小鼠右侧腹部。荷瘤小鼠每日口服一次KT-413(32),剂量分别为3、10和30 mg/kg,持续38天。使用游标卡尺手动测量肿瘤体积,并评估肿瘤生长抑制率(TGI)。[1]
患者来源异种移植(PDX)模型LY140019:该模型携带MYD88 L265P突变和CD79突变,通过皮下植入NPG小鼠进行传代。荷瘤小鼠经口服给予KT-413(32),剂量为20 mg/kg,采用间歇给药方案(给药3天,停药5天)。每周至少测量两次肿瘤体积。[1]
体内药代动力学研究:静脉注射(iv)药代动力学研究中,化合物配制于10% DMSO/40% PEG400/50%水中。口服(po)药代动力学研究中,化合物配制于20% HP-β-CD/80%水中。收集血浆样本,用乙腈进行蛋白质沉淀处理,然后进行LC-MS/MS分析。[1]
参考文献

[1]. Discovery of KT-413, a Targeted Protein Degrader of IRAK4 and IMiD Substrates Targeting MYD88 Mutant Diffuse Large B-Cell Lymphoma. J Med Chem. 2024 Jul 11;67(13):10548-10566.

[2]. Preparation of benzothiazole derivatives as IRAK degraders and uses thereof. World Intellectual Property Organization, WO2021127190 A1. 2021-06-24.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C45H48F3N7O6S
分子量
871.97
精确质量
871.333
元素分析
C, 61.98; H, 5.55; F, 6.54; N, 11.24; O, 11.01; S, 3.68
CAS号
2655656-99-6
PubChem CID
156506667
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
6.7
tPSA
202
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
14
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
62
分子复杂度/Complexity
1730
定义原子立体中心数目
0
SMILES
S1C2C=C(C(C(C)(C)O)=CC=2N=C1C1CCC(CC1)CN1CC2(C1)CC(CCNC1=CC=CC3C(N(C4C(NC(CC4)=O)=O)C(C1=3)=O)=O)C2)NC(C1C=CC=C(C(F)(F)F)N=1)=O
InChi Key
WDRJGMSUTPVXDH-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C45H48F3N7O6S/c1-43(2,61)28-17-32-34(18-31(28)51-38(57)30-7-4-8-35(50-30)45(46,47)48)62-40(52-32)26-11-9-24(10-12-26)21-54-22-44(23-54)19-25(20-44)15-16-49-29-6-3-5-27-37(29)42(60)55(41(27)59)33-13-14-36(56)53-39(33)58/h3-8,17-18,24-26,33,49,61H,9-16,19-23H2,1-2H3,(H,51,57)(H,53,56,58)
化学名
N-[2-[4-[[6-[2-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]ethyl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]methyl]cyclohexyl]-5-(2-hydroxypropan-2-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]-6-(trifluoromethyl)pyridine-2-carboxamide
别名
zomiradomide; KT-413; KT413; 2655656-99-6; IRAK degrader-1; N-[2-[4-[[6-[2-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]ethyl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]methyl]cyclohexyl]-5-(2-hydroxypropan-2-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]-6-(trifluoromethyl)pyridine-2-carboxamide; 2655660-58-3;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.1468 mL 5.7341 mL 11.4683 mL
5 mM 0.2294 mL 1.1468 mL 2.2937 mL
10 mM 0.1147 mL 0.5734 mL 1.1468 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

临床试验信息
Preclinical studies have demonstrated robust in vitro and in vivo activity, and Zomiradomide is currently being evaluated in a Phase 1 clinical trial for relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin's lymphomas (NCT05233033 ).
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