| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 50mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
APE1 [apurinic/apyrimidinic (AP) endonuclease 1] (IC50 = 2 μM)
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| 体外研究 (In Vitro) |
在 qHTS 测定中，APE1-IN-1（化合物 3）的 IC50 为 2 μM，而在放射性示踪剂切口测定 (RIA) 中，IC50 为 12 μM [1]。在 HeLa 全细胞提取物中，APE1-IN-1（0、1、3、10、30 或 100 μM；15 分钟）以剂量依赖性方式抑制 AP 位点切口 [1]。 APE1-IN-1（5-30 μM；24 小时）可增强甲磺酸甲酯和替莫唑胺的作用，并对 HeLa 细胞显示出细胞毒性作用 [1]。
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| 体内研究 (In Vivo) |
APE1-IN-1 具有良好的药代动力学特征（30 mpk；IP；单剂量）[1]。 CD1 小鼠中的 APE1-IN-1（化合物 3）（IP；30 mpk）药代动力学参数 [1]。脑/血浆 21 Cmax (μM) 16 217 tmax (h) 0.25 0.25 CLogP 2.83 血浆 脑 t1/2 (h) 2.1
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| 酶活实验 |
酶动力学研究[1]
将10 pg的APE1（~28 pM）在室温下在RIA缓冲液（见上文）中在没有（阳性对照，1%DMSO）或有5、10或20µM指定抑制剂的情况下孵育15分钟。然后将不同浓度的32P放射性标记AP-DNA底物（即5、10、25、50或100 nM）加入10µL的最终体积中，在37°C下孵育反应5分钟，并通过加入停止缓冲液和在95°C下加热10分钟来停止反应。如上所述计算每种底物浓度下的反应速度（每分钟切割的nmolar底物）。使用1/V与1/[S]的Lineweaver–Burk图来确定KM和kcat以及抑制模式。 EMSA[1] 在冰上孵育10 ng APE1（约28 nM），不含抑制剂（阳性对照，1%DMSO）或在结合缓冲液（50 mM Tris pH 7.5，25 mM NaCl，1 mM EDTA，1 mM DTT，10%甘油，0.01%吐温20）中加入浓度逐渐增加的抑制剂（1、3、10、30和100µM）10分钟，然后将放射性标记的32P AP-DNA底物（100 fmol）加入到10µL的最终体积中。在冰上孵育5分钟后，样品在电泳缓冲液（20mM Tris pH 7.5，10mM乙酸钠，0.5mM EDTA，8%聚丙烯酰胺，2.5%甘油）中在120V下进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（20mM Tris pH 7.5，10 mM乙酸钠，0.5 mM EDTA）2小时，以将APE1-DNA复合物与未结合的放射性标记DNA分离。电泳后，凝胶进行上述标准磷酸成像仪分析，并测定与APE1复合物中底物DNA的百分比。 |
| 细胞实验 |
细胞毒性测定 [1]
细胞类型： HeLa 细胞 测试浓度： 5-30 μM 孵育时间： 24 小时 实验结果：证明对 HeLa 细胞具有细胞毒活性，在大约 15 μM 时细胞活力降低 50%。甲磺酸甲酯 (0.4 mM) 和替莫唑胺 (1 mM) 的活性大大增强，分别在 ~5 μM 和 ~10 μM 时产生最佳协同作用。 HeLa全细胞提取物切口分析[1] 为了制备蛋白质提取物，收获保存在含有10%胎牛血清和1%青霉素-链霉素的DMEM中的HeLa细胞，用1X PBS洗涤，并重新悬浮在冰冷的低渗裂解缓冲液（50 mM Tris pH 7.4，1 mM EDTA，1 mM DTT，10%甘油，0.5 mM PMSF）中。将悬浮液在-80°C下冷冻至少30分钟，然后在4°C下缓慢解冻约1小时。向细胞悬浮液中加入KCl至终浓度为222 mM，然后在冰上孵育30分钟，并在4°C下以12000 xg离心15分钟进行澄清。保留上清液（全细胞提取物），使用Bio-Rad Bradford试剂测定蛋白质浓度，并将等分试样储存在-80°C下直至需要。对于切口试验，在加入0.5 pmol 32P放射性标记的AP-DNA底物（最终体积为10µL）之前，将300 ng HeLa全细胞提取物与0、1、3、10、30或100µM的指定抑制剂在室温下孵育15分钟。然后将反应混合物转移到37µC下5分钟，以便切割。在加入终止缓冲液和热变性后，如上所述分析反应产物。 细胞中基因组AP位点的积累[1] 在25 cm2烧瓶中，用DMSO、275µM MMS或7.5µM APE1抑制剂单独或用275µM MMS和7.5µM抑制剂的组合在37°C下处理80%融合的HeLa细胞24小时。然后收获细胞，根据Qiagen基因组DNA分离试剂盒分离每个样品的基因组DNA。测量基因组DNA的浓度并将其调节至100ng/µL。10µL纯化的DNA进一步用醛反应探针（ARP）试剂（N'氨基氧甲基羰基肼基-D-生物素）标记，并使用DNA损伤定量试剂盒测量AP位点。 MMS和TMZ增强试验[1] HeLa细胞通过多通道移液管或多点组合分配器以6K/25µL/孔的速度在含有10%FBS的DMEM培养基中接种到白色固体底部384孔细胞培养板中。细胞在37µC下培养过夜，以使细胞附着。第二天，在MMS（0.4 mM）或TMZ（1 mM）存在或不存在的情况下，用含有目标化合物系列稀释液（5-30µM）的新鲜培养基替换孔中的整个细胞培养基。将平板在37µC下孵育24小时。然后通过发光检测评估细胞存活率，向每个孔中加入15µL CellTiter Glo试剂，在室温下孵育30分钟，随后使用ViewLux阅读器测量发光。相对于阴性DMSO对照的发光，计算每种浓度的受试化合物的存活率百分比，一式两份。 |
| 动物实验 |
动物/疾病模型： CD1雄性小鼠 (n = 3)[1]
剂量： 30 mpk 给药途径： 腹腔注射；单次给药 实验结果： 显示出亲脂性 (CLogP = 2.8) 且易于穿过血脑屏障，导致 B/P 比值为 21。 体内药代动力学分析 [1] 化合物 3 (APE1-IN-1) 用涡旋和超声处理溶解于 PEG 400 和 Cremophor 中，然后涡旋和超声处理并逐渐加入生理盐水，以获得最终浓度为 3 mg/mL 的 化合物 3 (APE1-IN-1) 溶液，其中 PEG 400 的浓度为 50%，Cremophor 的浓度为 10%。将化合物 52 溶解于 PEG 200 和 Cremophor 的混合溶液中，涡旋振荡并超声处理，然后如上所述逐渐加入生理盐水，最终得到浓度为 3 mg/mL 的化合物 52 溶液，其中 PEG 200 的浓度为 50%，Cremophor 的浓度为 10%。两种化合物均采用腹腔注射给药。在每个采样时间点（给药后 0.25、0.5 小时、1 小时、2 小时、4 小时、8 小时、12 小时和 24 小时），通过心脏穿刺采集所有血样。每个时间点采集约 0.12 mL 血液。所有血样均转移至含有肝素的塑料微量离心管中，并置于 -80 °C 保存直至处理（见下文）。在每个时间点（见上文），用二氧化碳安乐死后立即取出脑组织。用生理盐水冲洗并擦干脑组织，然后在无菌塑料管中称重。将组织样本在水中匀浆，脑组织重量（g）：水（mL）比例为1:4（g:mL）。将检测到的值乘以5，得到脑组织中化合物的最终浓度。血液样本经4℃、4000 g离心5分钟后分离血浆。将血浆样本置于试管中，快速冷冻，并保存于-80℃直至进行LC/MS/MS分析。使用WinNonlin软件分析不同时间点血浆中化合物3（APE1-IN-1）或化合物52的浓度（数据来自LC/MS/MS分析）。 |
| 药代性质 (ADME/PK) |
通过腹腔注射（IP）给药，以30 mg/kg体重，对两种先导化合物（化合物52和化合物3 (APE1-IN-1)）在6-8周龄CD1小鼠体内进行了体内药代动力学（PK）特性分析（表7）。两种化合物均耐受性良好，24小时观察后未观察到不良反应。化合物52是亲水性更强的类似物（CLogP ~ 1），其血浆半衰期（t1/2）为5小时，且药物浓度（ng/mL）在12小时以上仍高于IC50值。该化合物还具有良好的血脑屏障（BBB）穿透性，初始浓度较高，但迅速下降，导致脑/血浆（B/P）比值为1.4。相比之下，亲脂性更强的类似物 3 (CLogP = 2.8) 能很容易地穿过血脑屏障，其 (B/P) 比值为 21。这一结果与预期相符，因为氢键供体减少和亲脂性增加通常会导致血脑屏障穿透性提高。通过结构修饰来调节这些分子的血脑屏障穿透能力，可能对靶向的癌症类型具有一定的应用价值。[1]
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
APE1 是一种在碱基切除修复 (BER) 通路中发挥作用的关键蛋白，负责人类细胞中 ≥95% 的脱嘌呤/脱嘧啶 (AP) 核酸内切酶活性。BER 是应对多种抗癌药物（包括电离辐射和替莫唑胺）诱导的 DNA 损伤的主要通路。APE1 的过表达和 AP 核酸内切酶活性的增强与肿瘤细胞对单功能烷化剂治疗的耐药性增加有关，这表明抑制 APE1 是一种有效的癌症治疗策略。本文报道了我们围绕一种新型 APE1 抑制剂 N-(3-(苯并[d]噻唑-2-基)-6-异丙基-4,5,6,7-四氢噻吩并[2,3-c]吡啶-2-基)乙酰胺 (3) 开展的药物化学研究成果。化合物 3 及其类似物对纯化的 APE1 酶表现出个位数微摩尔级的活性，在 HeLa 全细胞提取物试验中也表现出相当的活性，并且能够增强烷化剂甲基磺酸甲酯和替莫唑胺的细胞毒性。此外，这类化合物通常具有良好的体外 ADME 特性，并且在小鼠腹腔注射（30 mg/kg 体重）后，血浆和脑组织中的暴露水平良好。[1]
虽然本文所述的工作并未显著提高初始“先导化合物”化合物 3 (APE1-IN-1)的效力，但它确实为该化学类型的 SAR 特征提供了宝贵的见解，并且代表了首次报道的旨在建立新型 APE1 抑制剂的药物化学优化研究。具体而言，这项研究成功开发出对纯化酶具有低个位数微摩尔级效力的化合物（效力明显高于先前报道的抑制剂），这些化合物具有理想的体外和体内ADME性质，并且能够增强相关DNA损伤剂（即MMS和TMZ）的细胞毒性。针对纯化的重组APE1蛋白和人全细胞提取物的IC50值相当，以及仅用抑制剂处理的HeLa细胞中基因组AP位点积累增加，均支持了其靶向作用的证据。对化合物52和化合物3（APE1-IN-1）在小鼠体内的药代动力学性质分析表明，类似物52具有更好的总体细胞毒性特征、更高的暴露水平和更理想的血浆半衰期，而化合物3（APE1-IN-1）则能更有效地穿过血脑屏障。因此，对于脑腔外的肿瘤，像化合物 52 这样不易穿过血脑屏障的化合物，有助于避免与这一重要器官相关的潜在并发症。然而，研究发现 APE1 在成人和儿童胶质瘤中过度表达，AP 核酸内切酶活性增加 5 至 10 倍28。这一观察结果表明，需要开发 APE1 抑制剂，例如化合物 3 (APE1-IN-1) 或其他亲脂性化合物 52 类似物，这些抑制剂能够有效穿过血脑屏障，并有可能与替莫唑胺 (TMZ) 等药物联合使用。我们目前的研究重点是利用小鼠异种移植模型，在与替莫唑胺和其他相关的 DNA 损伤型抗癌化疗药物联合治疗的情况下，确定此类化合物在体内的疗效。 |
| 分子式 |
C19H21N3OS2
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|---|---|
| 分子量 |
371.52
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| 精确质量 |
371.113
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| CAS号 |
524708-03-0
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| PubChem CID |
3581333
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| 外观&性状 |
White to yellow solid powder
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| LogP |
4.76
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| tPSA |
101.71
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| 氢键供体(HBD)数目 |
1
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| 氢键受体(HBA)数目 |
5
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| 可旋转键数目(RBC) |
3
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| 重原子数目 |
25
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| 分子复杂度/Complexity |
503
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| InChi Key |
JMSPCTGDYFVMJZ-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C19H21N3OS2/c1-11(2)22-9-8-13-16(10-22)25-18(20-12(3)23)17(13)19-21-14-6-4-5-7-15(14)24-19/h4-7,11H,8-10H2,1-3H3,(H,20,23)
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| 化学名 |
N-[3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-6-propan-2-yl-5,7-dihydro-4H-thieno[2,3-c]pyridin-2-yl]acetamide
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| 别名 |
APE1 Inhibitor III; 524708-03-0; APE1-IN-1; N-[3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-6-propan-2-yl-5,7-dihydro-4H-thieno[2,3-c]pyridin-2-yl]acetamide; CHEMBL1617574; N-[3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-6-isopropyl-4,5,6,7-tetrahydrothieno[2,3-c]pyridin-2-yl]acetamide; MLS000419194; N-[3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-6-(propan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydrothieno[2,3-c]pyridin-2-yl]acetamide;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~22 mg/mL (~59.22 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 2.6916 mL | 13.4582 mL | 26.9165 mL | |
| 5 mM | 0.5383 mL | 2.6916 mL | 5.3833 mL | |
| 10 mM | 0.2692 mL | 1.3458 mL | 2.6916 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
AOH-1996
hMAO-B-IN-3
Flupyrimin
阿曲库铵
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463611831
