BODIPY TR Cadaverine

别名: 红色荧光染料,可用于一种高灵敏度、高强度的荧光置换试验, 与天然 LPS 强烈结合,特异性识别脂质 A,并被显示对脂质 A 有亲和力的化合物竞争性地置换。
目录号: V43161 纯度: ≥98%
BODIPY TR 尸胺是尸胺类似物,一种红色荧光染料。
BODIPY TR Cadaverine CAS号: 217190-24-4
产品类别: New3
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
25mg
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产品描述
BODIPY TR 尸胺是一种尸胺类似物,一种红色荧光染料。BODIPY TR 尸胺可用于高灵敏度、高强度的荧光置换分析,它能与天然 LPS 牢固结合,特异性识别脂质 A,并能被对脂质 A 具有亲和力的化合物竞争性置换。
BODIPY TR 尸胺是一种与 BODIPY TR(德克萨斯红)荧光团偶联的尸胺衍生物。它是一种高亮度、优异光稳定性和红色发射光谱的红色荧光染料。其分子式为 C3H2BCH2N2O₅S(通常表示为 C3ₓH₍ₓ₎),分子量为 544.85。该化合物专为高灵敏度荧光置换分析而设计,它通过特异性识别脂质 A 与天然脂多糖 (LPS) 牢固结合。它可被对脂质 A 具有亲和力的化合物竞争性置换,因此是研究 LPS 结合剂和内毒素拮抗剂的宝贵工具。其荧光激发波长 (λex) 为 588 nm,发射波长 (λem) 为 616 nm。
生物活性&实验参考方法
靶点
Lipid A component of lipopolysaccharides (LPS). BODIPY TR Cadaverine specifically recognizes and binds to lipid A, the bioactive endotoxin component of LPS on the surface of gram-negative bacteria. The cadaverine moiety mediates binding to the negatively charged lipid A through electrostatic interactions and hydrogen bonding. The BODIPY TR fluorophore provides a red fluorescence signal for detection. This probe does not target a host receptor but rather a bacterial structural component, enabling the detection and study of endotoxin in biological samples. It is used to screen for compounds that can block LPS binding, potentially serving as anti-endotoxin agents.
体外研究 (In Vitro)
采用 BODIPY TR 尸胺法 [1] 定量细胞自噬。该方法包括将细胞在 125 nM BODIPY TR 尸胺溶液中孵育 10 分钟,随后用 PBS 洗涤四次,最后在含 0.1% Triton X-100 的 10 mM Tris-Cl (pH 8) 缓冲液中再次孵育。使用 Molecular Devices SPECTRAmax 荧光计(激发波长 λex=588 nm,发射波长 λem=616 nm)测量荧光强度。通过加入 0.2 mM 溴化乙锭并测量 DNA 荧光(激发波长 λex=530 nm,发射波长 λem=590 nm),将荧光强度标准化为细胞数量 [1]。
在体外,BODIPY TR 尸胺可用于荧光置换试验,以评估潜在 LPS 结合剂的结合亲和力。在 125 nM 的浓度下,该探针与 LPS 结合牢固,解离常数 (Kd) 处于低纳摩尔范围内。该结合具有脂质 A 特异性,并且该探针可被同样与脂质 A 结合的化合物竞争性置换,荧光强度的降低与置换剂的亲和力呈正相关。该检测方法灵敏度高且稳定性强,适用于抗内毒素药物的高通量筛选。BODIPY TR 尸胺还可用于标记 LPS,以研究细胞摄取和细胞内转运,从而实现对细菌内毒素与免疫细胞相互作用的可视化。
体内研究 (In Vivo)
BODIPY TR 尸胺的体内应用有限,但该探针可用于标记脂多糖 (LPS),从而追踪动物模型中内毒素的生物分布和清除情况。例如,静脉注射荧光标记的 LPS 可在肝脏和脾脏等组织中被观察到,这些组织中的 LPS 会被库普弗细胞和其他吞噬细胞摄取。该探针也可用于离体实验,例如使用组织匀浆或血清检测 LPS 或筛选抗内毒素药物。然而,由于其带正电荷且易于与带负电荷的结构结合,因此需要谨慎解读体内数据。由于该化合物主要用于体外和离体实验,因此详细的体内活性数据有限。
酶活实验
对于无细胞荧光置换分析,首先将BODIPY TR尸胺溶解于DMSO或合适的缓冲液(例如,10 mM Tris-Cl,pH 7.4)中,配制成0.1-1 mM的储备液。在96孔板中,将探针用分析缓冲液(例如,PBS或Tris-Cl)稀释至终浓度为0.1-1 uM。向每个孔中加入浓度为0.01-100 ug/mL的大肠杆菌(或其他革兰氏阴性菌)的LPS,并在室温下孵育30-60分钟,以使探针与LPS结合。使用荧光酶标仪测量基线荧光(激发波长580-590 nm,发射波长615-625 nm)。在置换实验中,将测试化合物(潜在的LPS结合剂)以不同浓度(0.01-100 uM)加入到探针-LPS混合物中,并在额外孵育30-60分钟后测量荧光强度的降低(由于探针被置换)。置换的IC50(或EC50)值可通过曲线拟合计算得出。
细胞实验
BODIPY TR 尸胺的典型细胞实验方案包括对细胞进行染色以定量自噬,因为该探针会积聚在自噬体中。将细胞(例如心肌细胞或巨噬细胞)以 70-80% 的汇合度接种于 6 孔或 24 孔板中。将 BODIPY TR 尸胺用培养基稀释至终浓度为 125 nM。将细胞与染料在 37℃ 下孵育 10 分钟。孵育后,用 PBS 洗涤细胞 4 次以去除未结合的染料。为了定量荧光,将细胞裂解于 500 uL 含有 0.1% Triton X-100 的 10 mM Tris-Cl (pH 8.0) 缓冲液中。收集裂解液,并使用荧光计或酶标仪测量荧光强度(激发波长 588 nm,发射波长 616 nm)。为了校正细胞数量,可在裂解液中加入 0.2 mM 溴化乙锭,并在激发波长 530 nm 和发射波长 590 nm 下读取 DNA 荧光。或者,也可以通过 BCA 法测定蛋白质浓度。对于荧光成像,将细胞培养在盖玻片上,按所述方法染色,洗涤后用抗褪色剂封片,然后使用配备德州红滤光片(激发波长 560-590 nm,发射波长 600-650 nm)的荧光显微镜进行观察。
动物实验
对于使用BODIPY TR尸胺标记的LPS进行的体内实验,首先使用探针在体外标记LPS。将LPS(例如,1 mg/mL PBS溶液)与BODIPY TR尸胺(5-20 μM)混合,并在37℃下孵育1小时。使用截留分子量为10-30 kDa的离心过滤器,通过透析或缓冲液交换去除未结合的染料。然后将标记的LPS用无菌PBS稀释至最终浓度为0.1-1 mg/mL。将100-200 μL标记的LPS(剂量为1-5 mg/kg)经尾静脉注射到8-12周龄的C57BL/6小鼠体内。在动力学研究中,分别于注射后0、5、15、30、60和120分钟通过眼眶后静脉丛取血,并测量血浆荧光强度(激发波长580-590 nm,发射波长615-625 nm)。在特定时间点(1、4、8和24小时),处死小鼠,并取出各器官(肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、心脏)进行荧光成像和定量分析。可制备组织切片进行组织学分析,以观察LPS的细胞摄取情况。
药代性质 (ADME/PK)
BODIPY TR 尸胺的药代动力学特性尚未得到充分研究。然而,根据其结构和类似 BODIPY 染料的行为,该化合物预计具有高度亲脂性(估计 logP 值约为 4-6)。静脉注射后,游离探针可能迅速与血清蛋白(例如白蛋白)结合并进入细胞膜。由于肝脏和脾脏的快速清除,其血浆半衰期可能较短(5-30 分钟)。当用于标记 LPS 时,标记 LPS 的药代动力学特征将与天然 LPS 相似,后者会被单核吞噬细胞系统迅速从循环中清除,分布半衰期为 2-5 分钟,消除半衰期为 30-60 分钟。肝脏(库普弗细胞)和脾脏(巨噬细胞)是主要的蓄积部位。标记的 LPS 在溶酶体内逐渐降解,释放的染料可能在组织中持续存在较长时间。详细的定量药代动力学数据有限。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
BODIPY TR 尸胺的毒理学数据表明,该化合物仅供研究使用,不可用于人体治疗。该化合物可能刺激眼睛、皮肤和呼吸道。应采取标准安全预防措施,包括佩戴手套、实验服和护目镜。避免吸入粉尘或皮肤接触。体外细胞培养研究表明,浓度为 125 nM 的 BODIPY TR 尸胺作用 10 分钟后,未发现对心肌细胞或其他细胞类型有明显的细胞毒性。然而,在更高浓度或更长的暴露时间下,该化合物可能导致细胞膜扰动或光毒性。该化合物应避光保存,以最大程度地减少光漂白和活性氧的产生。目前尚无慢性毒性或致癌性数据。
参考文献

[1]. Cyclophilin D is required for mitochondrial removal by autophagy in cardiac cells. Autophagy. 2010 May;6(4):462-72.

[2]. Anti-endotoxin agents. 1. Development of a fluorescent probe displacement method optimized for the rapid identification of lipopolysaccharide-binding agents. Comb Chem High Throughput Screen. 2004 May;7(3):239-49.

其他信息
BODIPY TR 尸胺是一种研究级荧光探针,目前尚无获批的临床应用。它以固体(粉末)形式供应,纯度≥95%(通常>98%)。该化合物可溶于DMSO、DMF和乙醇,但在水性缓冲液中的溶解度有限。应将其储存在-20℃的避光容器中,保存时间可达2-3年。DMSO储备液可在-20℃下保存长达6个月,但应避免反复冻融。该探针广泛用于荧光置换分析,以鉴定和表征LPS结合剂,以及定量自噬(通过其在自噬体中的积累)。BODIPY TR荧光团具有高亮度和光稳定性,使其成为长期成像研究的理想选择。同义词包括 BODIPY TR 尸胺、BODIPY TMR 尸胺,以及可能与德克萨斯红类似的结合物。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C26H27BN4O2F2S.HCL
分子量
544.852
精确质量
544.168
CAS号
217190-24-4
PubChem CID
129009841
外观&性状
Dark purple to black solid powder
tPSA
101
氢键供体(HBD)数目
3
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
37
分子复杂度/Complexity
906
定义原子立体中心数目
0
SMILES
Cl.[F-][B+3]1(N2=C(C3SC=CC=3)C=CC2=CC2=CC=C(C3C=CC(OCC(=O)NCCCCCN)=CC=3)[N-]12)[F-]
InChi Key
BKKUIOILPDASKH-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C26H27BF2N4O2S.ClH/c28-27(29)32-20(17-21-9-13-24(33(21)27)25-5-4-16-36-25)8-12-23(32)19-6-10-22(11-7-19)35-18-26(34)31-15-3-1-2-14-30;/h4-13,16-17H,1-3,14-15,18,30H2,(H,31,34);1H
化学名
N-(5-aminopentyl)-2-[4-(2,2-difluoro-12-thiophen-2-yl-1-aza-3-azonia-2-boranuidatricyclo[7.3.0.03,7]dodeca-3,5,7,9,11-pentaen-4-yl)phenoxy]acetamide;hydrochloride
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~125 mg/mL (~229.42 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8354 mL 9.1768 mL 18.3537 mL
5 mM 0.3671 mL 1.8354 mL 3.6707 mL
10 mM 0.1835 mL 0.9177 mL 1.8354 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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