PF-CBP1

别名: PF-CBP-1; PF-CBP1; PF-CBP 1; PF 06670910; PF-06670910; PF06670910 5-(Dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-2-[2-(4-propoxyphenyl)ethyl]-1H-1,3-benzodiazole
目录号: V2348 纯度: ≥98%
PF-CBP1 是 CREB 结合蛋白溴结构域的选择性抑制剂。
PF-CBP1 CAS号: 1962928-21-7
产品类别: Epigenetic Reader Domain
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
10mg
25mg
50mg
100mg
250mg
500mg
1g
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  • PF-CBP1 HCl
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纯度/质量控制文件

纯度: ≥98%

产品描述
PF-CBP1 是 CREB 结合蛋白溴结构域的选择性抑制剂。
生物活性&实验参考方法
靶点
CREB Binding Protein (CBP) bromodomain (Ki = 0.5 nM; IC50 for CBP bromodomain binding = 1.5 nM) [1]
体外研究 (In Vitro)
在初级巨噬细胞中,PF-CBP1 调节重要的炎症基因。神经元中的 RGS4 是与帕金森病相关的一个靶点,可被 PF-CBP1 下调。在生化实验中,ITC 的选择性比 BRD4 高 105 倍,而 PF-CBP1 的选择性高 139 倍。正如其他 CBP 抑制剂所见,F-CBP1 同样是 EP300 的强抑制剂 [1]。
PF-CBP1对CBP溴结构域具有高选择性:在浓度高达10 μM时,对其他溴结构域(如BRD4、BRD2、BRD3、PCAF)无显著结合活性 [1]
- 在HeLa细胞中,PF-CBP1(1 μM,处理6小时)通过ChIP-qPCR实验检测显示,可降低CBP在BCL6和MYC基因启动子区域的占据率,与DMSO对照组相比分别降低约60%和55% [1]
- PF-CBP1(0.1-10 μM)呈剂量依赖性抑制CBP依赖的转录激活:在荧光素酶报告基因实验中(HeLa细胞转染CBP响应型启动子),EC50 = 0.3 μM [1]
- 在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)细胞系(OCI-LY10、SU-DHL4)中,PF-CBP1(1-5 μM,处理48小时)通过qPCR检测显示,可使BCL6和MYC的mRNA表达水平分别降低40%-65%和35%-50%;蛋白质印迹(western blot)结果显示,对应蛋白水平分别降低30%-55%和25%-45% [1]
- PF-CBP1(0.5-10 μM,处理72小时)抑制DLBCL细胞系(OCI-LY10、SU-DHL4、SU-DHL6)的增殖,MTT实验测得IC50值分别为2.3 μM、3.1 μM和4.5 μM [1]
- 在OCI-LY10细胞中,PF-CBP1(3 μM,处理72小时)通过流式细胞术检测显示,可诱导G1期细胞周期阻滞:G1期细胞比例从对照组(DMSO)的45%升高至68%,S期细胞比例从32%降至18% [1]
体内研究 (In Vivo)
在OCI-LY10 DLBCL异种移植小鼠模型(雌性NOD/SCID小鼠)中,PF-CBP1经口服给药(50 mg/kg,每日两次),连续21天可显著抑制肿瘤生长:第21天肿瘤体积为溶媒对照组的42%(P<0.01);处死时肿瘤重量为溶媒对照组的38%(P<0.01)[1]
- 免疫组织化学检测显示,PF-CBP1处理组小鼠的肿瘤组织中,BCL6和MYC蛋白水平分别比溶媒对照组降低约50%和45% [1]
- 研究期间,PF-CBP1处理组小鼠未出现显著体重下降或明显器官毒性 [1]
酶活实验
HTRF结合实验:将重组CBP溴结构域蛋白与系列稀释的PF-CBP1(0.001-10 μM)及荧光标记的乙酰化组蛋白H4肽段(H4K5ac/K8ac/K12ac/K16ac)共同孵育。室温孵育1小时后,检测荧光共振能量转移(FRET)信号,根据信号抑制的剂量-反应曲线计算IC50值 [1]
- 表面等离子体共振(SPR)实验:将CBP溴结构域蛋白固定在传感器芯片上,以恒定流速将系列稀释的PF-CBP1(0.0001-1 μM)注入芯片表面。通过将传感图数据拟合至1:1结合模型,确定结合亲和力(Ki)[1]
细胞实验
细胞增殖实验:DLBCL细胞接种于96孔板(5×103个细胞/孔),过夜孵育后加入系列稀释的PF-CBP1(0.1-10 μM),继续培养72小时。加入MTT试剂孵育4小时,DMSO溶解甲臜结晶后,在570 nm波长下测定吸光度,根据剂量-反应曲线计算IC50值 [1]
- qPCR实验:DLBCL细胞经PF-CBP1(1-5 μM)处理48小时后,提取总RNA并逆转录为cDNA,使用BCL6、MYC及内参基因GAPDH的特异性引物进行qPCR检测,采用ΔΔCt法计算相对mRNA表达水平 [1]
- 蛋白质印迹(western blot)实验:细胞经PF-CBP1(1-5 μM)处理48小时后裂解,提取的蛋白质通过SDS-PAGE电泳分离,转移至PVDF膜,用BCL6、MYC及内参蛋白β-肌动蛋白(β-actin)的抗体进行孵育。化学发光法显影免疫反应条带,通过密度计量法量化条带强度 [1]
- ChIP-qPCR实验:HeLa细胞经PF-CBP1(1 μM)处理6小时后,用甲醛进行交联,裂解细胞并通过超声破碎染色质。用抗CBP抗体免疫沉淀CBP结合的染色质片段,逆转交联后纯化DNA,使用针对BCL6和MYC基因启动子的引物进行qPCR,定量CBP的占据率 [1]
- 细胞周期分析:OCI-LY10细胞经PF-CBP1(3 μM)处理72小时后,用乙醇固定,碘化丙啶染色,流式细胞术检测。通过流式细胞仪软件分析细胞周期分布(G1、S、G2/M期)[1]
动物实验
异种移植模型建立:将5×10⁶个OCI-LY10 DLBCL细胞(悬浮于PBS/Matrigel中)皮下注射到6-8周龄雌性NOD/SCID小鼠右侧腹部。待肿瘤生长至约100 mm³后开始治疗[1]
- 给药:将小鼠随机分为载体对照组和PF-CBP1治疗组(每组n=8)。PF-CBP1溶于10% DMSO + 90% PEG400溶液中,以50 mg/kg的剂量,每日两次,连续21天进行口服给药。载体对照组小鼠给予等体积的10% DMSO + 90% PEG400溶液[1]
- 肿瘤和体重监测:每3天使用游标卡尺测量肿瘤体积(体积 = 长 × 宽² / 2)。每周记录体重以评估总体毒性[1]
- 组织采集:治疗结束后,处死小鼠,切除肿瘤,称重,并分成若干部分用于免疫组织化学和蛋白质提取。采集主要器官(肝脏、肾脏、脾脏)用于总体毒性评估[1]
药代性质 (ADME/PK)
PF-CBP1 在小鼠体内的口服生物利用度:38%(通过比较口服和静脉注射 10 mg/kg 后 24 小时的 AUC 测定)[1]
- 小鼠口服 50 mg/kg 后的血浆半衰期 (t1/2):4.2 小时 [1]
- 小鼠口服 50 mg/kg 后的血浆峰浓度 (Cmax):3.8 μM(给药后 1 小时达到)[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
与载体对照组相比,PF-CBP1 处理组小鼠(50 mg/kg,每日两次,持续 21 天)的体重未见显著变化[1]
- 对 PF-CBP1 处理组小鼠的肝脏、肾脏和脾脏进行肉眼检查,未发现异常(例如肥大、变色、坏死)[1]
- PF-CBP1 处理组小鼠的血浆丙氨酸氨基转移酶 (ALT)、天冬氨酸氨基转移酶 (AST)、血尿素氮 (BUN) 和肌酐 (Cr) 水平均在正常范围内,与载体对照组相比无显著差异[1]
参考文献
[1]. Chekler EL, et al. Transcriptional Profiling of a Selective CREB Binding Protein Bromodomain Inhibitor Highlights Therapeutic Opportunities. Chem Biol. 2015 Dec 17;22(12):1588-96.
其他信息
PF-CBP1是一种小分子抑制剂,可与CBP溴结构域的乙酰赖氨酸结合口袋结合,从而阻止CBP与乙酰化组蛋白的相互作用[1]
- PF-CBP1的化学结构以喹唑啉酮为核心,该核心经过优化,可对CBP溴结构域具有高亲和力和选择性[1]
- PF-CBP1可调节依赖于CBP的转录程序,包括由CREB、MYC和BCL6驱动的转录程序,这些程序对于弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)细胞的存活和增殖至关重要[1]
- 体外和体内数据支持PF-CBP1作为治疗DLBCL和其他由CBP依赖性转录失调驱动的癌症的潜在药物[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C29H36N4O3
分子量
488.632
精确质量
488.278
CAS号
1962928-21-7
相关CAS号
PF-CBP1 hydrochloride;2070014-93-4
PubChem CID
119081417
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
密度
1.2±0.1 g/cm3
沸点
673.5±55.0 °C at 760 mmHg
闪点
361.1±31.5 °C
蒸汽压
0.0±2.1 mmHg at 25°C
折射率
1.615
LogP
5.46
tPSA
65.6
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
36
分子复杂度/Complexity
654
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O1CCN(CC1)CCN1C2C=CC(C3C(C)=NOC=3C)=CC=2N=C1CCC1C=CC(=CC=1)OCCC
InChi Key
CGWBJJZOKGZCSJ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C29H36N4O3/c1-4-17-35-25-9-5-23(6-10-25)7-12-28-30-26-20-24(29-21(2)31-36-22(29)3)8-11-27(26)33(28)14-13-32-15-18-34-19-16-32/h5-6,8-11,20H,4,7,12-19H2,1-3H3
化学名
4-(2-(5-(3,5-Dimethylisoxazol-4-yl)-2-(4-propoxyphenethyl)-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)ethyl)morpholine
别名
PF-CBP-1; PF-CBP1; PF-CBP 1; PF 06670910; PF-06670910; PF06670910
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0465 mL 10.2327 mL 20.4654 mL
5 mM 0.4093 mL 2.0465 mL 4.0931 mL
10 mM 0.2047 mL 1.0233 mL 2.0465 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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