| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
p53 Y220C mutant (mutant p53 core domain) - binds to the mutation-induced surface cavity; Kd = 167 ± 12 μM (by ¹H-¹⁵N HSQC NMR at 20°C); Kd = 125 ± 10 μM (by isothermal titration calorimetry at 20°C); Kd ≈ 140 ± 73 μM (from thermal denaturation data at 316–318 K); Kd = 170 μM (by analytical ultracentrifugation at 10°C). [1]
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| 体外研究 (In Vitro) |
PhiKan 083 是咔唑衍生物，其与 Ln229 细胞中 p53Y220C 的解离常数 (Kd) 为 167 μM[1]，相对结合亲和力 (Kd) 为 150 μM[3]。它能与表面空腔结合并稳定 Y220C（p53 突变体）。PhiKan 083 可减缓其热变性速率[2]。PhiKan 083 (125 μM，48 小时) 可降低经基因工程改造的 Ln229 细胞变体的细胞活力[3]。在 Ln229 细胞中，PhiKan 083 (100 μM) 与 NSC 123127 (1 μM) 联合使用可增强所有变体（p53wt、p53Y220C、p53G245S 和 p53R282W）的促凋亡活性 [3]。
PhiKan-083 与 T-p53C-Y220C 的结合解离常数为 167 ± 12 μM，该解离常数是通过 20°C 下的 ¹H-¹⁵N HSQC NMR 光谱测定的。[1] 等温滴定量热法 (ITC) 测得，在 20°C 下，Kd 为 125 ± 10 μM，化学计量比为 1:1。 [1] 分析型超速离心法测得10°C下的Kd值为170 μM。[1] PhiKan-083以浓度依赖的方式提高了T-p53C-Y220C的表观熔解温度(Tm)；在2.5 mM配体浓度下，Tm从316 K（无配体时的表观Tm）升高了近2°C，拟合到简单结合模型的数据得出316–318 K下的近似Kd值为140 ± 73 μM。[1] 在37°C (310 K)下，PhiKan-083减缓了热变性动力学； T-p53C-Y220C 的半衰期从无配体时的 3.8 分钟增加到化合物饱和浓度时的 15.7 分钟。[1] T-p53C-Y220C:PhiKan-083 复合物的晶体结构以 1.5 Å 分辨率解析（PDB 2VUK），显示 PhiKan-083 与突变诱导的裂隙结合的电子密度清晰可见。中心咔唑部分大部分被掩埋，9-乙基占据疏水口袋的最深处，N-甲基甲胺部分与 Asp-228 的主链羰基形成氢键。结合后仅发生较小的结构位移，其中 Thr-150 侧链的位移最为显著（位移达 1.4 Å）。[1] |
| 酶活实验 |
采用¹H-¹⁵N HSQC NMR光谱法测定结合：将浓度为70 μM的¹⁵N标记的T-p53C-Y220C蛋白溶于25 mM磷酸钠缓冲液（pH 7.2）、150 mM NaCl、5 mM DTT和4.5% d6-DMSO中，并用不同浓度的PhiKan-083进行滴定。在配备低温探头的700或800 MHz核磁共振波谱仪上，于20°C下采集光谱。通过拟合单一位点结合模型，利用15个特征共振峰的化学位移变化计算平均Kd值。 [1]
等温滴定量热法 (ITC)：在 20°C 下，使用 VP-ITC 量热仪，在含有 5% d6-DMSO 的 25 mM 磷酸钠缓冲液（pH 7.2）、150 mM NaCl、1 mM DTT 溶液中测定结合情况。将 5 mM PhiKan-083 滴加到含有 100 μM 蛋白质的样品池中。每次进样 10 μL（前 3 μL），间隔 600 秒；使用 MicroCal Origin 程序分析数据。[1] 分析型超速离心：进行沉降平衡实验以测定结合情况，得到 10°C 下的 Kd 值。 [1] 热稳定性测定（差示扫描量热法或SYPRO Orange荧光法）：在含有10 μM蛋白质的25 mM磷酸钠缓冲液（pH 7.2）、150 mM NaCl、5 mM DTT溶液中，分别以250 K/h的扫描速率通过DSC或以270 K/h的扫描速率通过SYPRO Orange荧光法监测热变性过程。在不同浓度的PhiKan-083存在下测定表观Tm值，并将数据拟合到结合模型以提取Kd值。[1] 热变性动力学：在50 mM HEPES缓冲液（pH 7.2）、1 mM三(2-羧乙基)膦溶液中，于37°C下通过监测340 nm处的色氨酸发射（激发波长280 nm）来追踪变性动力学。反应持续10,000 s。数据拟合采用单指数函数加线性漂移项。[1] X射线晶体学：采用悬滴气相扩散法生长空间群为P2₁2₁2₁的T-p53C-Y220C晶体。将PhiKan-083通过逐步加入低温缓冲液的方式浸入晶体中，配体浓度在2.5小时内逐渐增加至10 mM。在100 K下收集分辨率为1.5 Å的数据；使用CNS程序解析和精修结构，并将配体构建到具有清晰电子密度的B链中。[1] |
| 细胞实验 |
细胞活力检测 [1]
细胞类型： Ln229、Ln229-p53-wt、Ln229-p53-Y220C、Ln229-p53-G245S、Ln229-p53-R282W 细胞 测试浓度： 125 μM 孵育时间： 48 小时 实验结果： 导致约 70 ± 5% 的细胞活力下降。Ln229 细胞变体的细胞活力下降了 5%。 瞬时转染和稳定细胞系构建：使用了 HEK293T、Ln229 和 U87MG 细胞。构建了表达不同p53变体（wt、Y220C、G245S、R282W）的裂解型雷尼拉荧光素酶（RLUC）互补生物传感器（NRLUC-p53-CRLUC）的慢病毒载体。通过慢病毒转导和FACS分选，获得表达均一dTomato的稳定Ln229细胞。[3] 药物处理和生物发光成像：将细胞用不同浓度（15.6、31.25、62.5、125、250 μM）的PhiKan-083处理1至24小时。处理后，洗涤细胞，加入腔肠素（2 μg溶于50 μL PBS），使用IVIS光学成像系统测量RLUC互补信号，积分时间为1分钟，持续15分钟。通过绘制感兴趣区域对信号进行定量。[3] MTT 细胞活力检测：将细胞接种于 96 孔板（5,000 个细胞/孔），分别用药物单独或组合处理 24-72 小时。处理后，在不含酚红的 DMEM 培养基中加入 MTT 试剂（12.5 μM），孵育 2 小时，将生成的甲臜晶体溶解于 DMSO 中，并在 540 nm 处测量吸光度。 [3] 流式细胞术（FACS）细胞凋亡和细胞周期分析：将12孔板中的细胞（75,000个细胞/孔）进行处理，用胰蛋白酶消化收集细胞（包括死细胞），在冰冷的70%乙醇中于-20°C固定2小时，用碘化丙啶（10 μg/mL）、RNase A（100 μg/mL）和0.05% Triton X-100染色15分钟，然后使用配备InCyte和FlowJo软件的Guava流式细胞仪进行分析。[3] 免疫印迹分析：用含有蛋白酶抑制剂的RIPA裂解缓冲液裂解细胞，超声破碎，离心，并进行蛋白定量。将样品（200 μg 总蛋白）在 4-12% SDS-PAGE 凝胶上进行电泳分离，然后转移至 PVDF 膜上，封闭后，用针对 p53、p21、Bcl2、SOD2 的一抗以及内参（GAPDH、微管蛋白、β-肌动蛋白）进行孵育，再用 HRP 标记的二抗孵育，最后使用 IVIS-Lumina 成像系统进行化学发光检测。[3] |
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
高浓度（125 μM 及以上）的 PhiKan-083 对细胞具有高度毒性，即使不进行化疗，也会导致大量细胞死亡。然而，在较低浓度（例如 3.75 μM）下，其毒性有限，但与化疗药物具有显著的协同作用。PhiKan-083 的相对结合亲和力（150 μM）具有相当大的毒性，由于其对正常细胞的非预期毒性，限制了其在体内的应用。[3]
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| 参考文献 |
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| 其他信息 |
p53 中的 Y220C 突变每年在全球约 75,000 例新增癌症病例中出现。该突变会在远离 DNA 结合和蛋白质-蛋白质相互作用界面的表面形成一个空腔，使其成为小分子稳定疗法的理想靶点。PhiKan-083 可与该空腔结合，并通过提高突变蛋白的熔解温度和减缓其变性来稳定该蛋白，因此是一种基于蛋白质稳定作用的抗癌药物的先导化合物。稳定程度与结合亲和力和变性熵相关；对于给定的配体浓度与 Kd 的比值，可以计算 Tm 的增加值。晶体结构表明，咔唑骨架可以进一步修饰，例如引入氢键供体（例如，与 Leu-145 的羰基结合）或延伸到现有配体尚未作用的空腔部分，从而为提高亲和力提供了多种机会。[1]
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| 分子式 |
C16H19CLN2
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|---|---|
| 分子量 |
274.79
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| 精确质量 |
274.123
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| CAS号 |
1050480-30-2
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| 相关CAS号 |
PhiKan 083;880813-36-5
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| PubChem CID |
16255105
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| tPSA |
17
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| 氢键供体(HBD)数目 |
2
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| 氢键受体(HBA)数目 |
1
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| 可旋转键数目(RBC) |
3
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| 重原子数目 |
19
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| 分子复杂度/Complexity |
278
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
Cl.N1(CC)C2C=CC=CC=2C2C=C(CNC)C=CC1=2
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| InChi Key |
IXWVUPURFWFRNE-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C16H18N2.ClH/c1-3-18-15-7-5-4-6-13(15)14-10-12(11-17-2)8-9-16(14)18;/h4-10,17H,3,11H2,1-2H3;1H
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| 化学名 |
1-(9-ethylcarbazol-3-yl)-N-methylmethanamine;hydrochloride
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| 别名 |
PhiKan 083; PhiKan083; PhiKan-083;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中，避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~62.5 mg/mL (~227.45 mM)
H2O : ~2 mg/mL (~7.28 mM) |
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 3.6391 mL | 18.1957 mL | 36.3914 mL | |
| 5 mM | 0.7278 mL | 3.6391 mL | 7.2783 mL | |
| 10 mM | 0.3639 mL | 1.8196 mL | 3.6391 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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