PhiKan-083

别名: PhiKan 083; PhiKan083; PhiKan-083;
目录号: V7938 纯度: ≥98%
PhiKan-083 是阿咔唑类似物,是 p53 突变体 Y220C 的新型有效稳定剂,可以稳定 Y220C(p53 突变体),Kd 为 167 μM。
PhiKan-083 CAS号: 1050480-30-2
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
50mg
100mg
250mg
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产品描述
PhiKan-083 是一种咔唑类似物,是 p53 突变体 Y220C 的新型有效稳定剂,可以稳定 Y220C(p53 突变体),Kd 为 167 μM。具有抗癌活性。
生物活性&实验参考方法
体外研究 (In Vitro)
PhiKan 083 是咔唑的衍生物,在 Ln229 细胞中对 p53Y220C 的 Kd 为 167 μM[1],相对结合亲和力 (Kd) 为 150 μM[3]。它与表面空腔结合并稳定 Y220C(p53 突变体)。 PhiKan 083 减慢了其热变性速度[2]。 PhiKan 083(125 μM,48 小时)降低了工程化 Ln229 细胞变体的细胞活力 [3]。在 Ln229 细胞中,将 PhiKan 083 (100 μM) 与 NSC 123127 (1 μM) 组合可增加所有变体(p53wt、p53Y220C、p53G245S 和 p53R282W)的促凋亡活性 [3]。
细胞实验
细胞活力测定 [1]
细胞类型: Ln229、Ln229-p53-wt、Ln229-p53-Y220C、Ln229-p53-G245S、Ln229-p53-R282W 细胞
测试浓度: 125 μM
孵育持续时间: 48 小时
实验结果: 引起 ∼70 ± Ln229细胞变体的细胞活力降低了 5%。
参考文献

[1]. Targeted rescue of a destabilized mutant of p53 by an in silico screened drug. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Jul 29;105(30):10360-5.

[2]. Effect of Y220C mutation on p53 and its rescue mechanism: a computer chemistry approach. Protein J. 2013 Jan;32(1):68-74.

[3]. A protein folding molecular imaging biosensor monitors the effects of drugs that restore mutant p53 structure and its downstream function in glioblastoma cells. Oncotarget. 2018 Apr 20;9(30):21495-21511.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C16H19CLN2
分子量
274.79
精确质量
274.123
CAS号
1050480-30-2
相关CAS号
PhiKan 083;880813-36-5
PubChem CID
16255105
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
17
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
1
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
19
分子复杂度/Complexity
278
定义原子立体中心数目
0
SMILES
Cl.N1(CC)C2C=CC=CC=2C2C=C(CNC)C=CC1=2
InChi Key
IXWVUPURFWFRNE-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C16H18N2.ClH/c1-3-18-15-7-5-4-6-13(15)14-10-12(11-17-2)8-9-16(14)18;/h4-10,17H,3,11H2,1-2H3;1H
化学名
1-(9-ethylcarbazol-3-yl)-N-methylmethanamine;hydrochloride
别名
PhiKan 083; PhiKan083; PhiKan-083;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~62.5 mg/mL (~227.45 mM)
H2O : ~2 mg/mL (~7.28 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.6391 mL 18.1957 mL 36.3914 mL
5 mM 0.7278 mL 3.6391 mL 7.2783 mL
10 mM 0.3639 mL 1.8196 mL 3.6391 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • Effects of PhiKan083 on T-p53C-Y220C. (A) Changes in chemical shifts (normalized) vs. concentration for 15 resonances of T-p53C-Y220C in the presence of PhiKan083 at 20°C. The data are fitted to a single-site binding model. (B) Thermal denaturation of T-p53C-Y220C (10 μM) in the presence of PhiKan083. Denaturation is irreversible. However, at the very high heating rate of 270 K/h, the measured Tm is close to the reversible value. The data are fitted to the equation: T = Tm/(1 − (R/ΔS D-N(Tm))ln(1 + [L]/Kd)), where T is the observed melting temperature, Tm that in the absence of ligand L, Kd its dissociation constant, and ΔSD-N(Tm) the entropy of denaturation at Tm (the derivation is in the legend to Fig. S5). (C) Effect of PhiKan083 on kinetics of thermal denaturation at 37°C.[1].Boeckler FM, et al. Targeted rescue of a destabilized mutant of p53 by an in silico screened drug. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Jul 29;105(30):10360-5.
  • Isothermal titration calorimetry of PhiKan083 binding at 20°C showing raw data (Upper) and fit after integration (Lower).[1].Boeckler FM, et al. Targeted rescue of a destabilized mutant of p53 by an in silico screened drug. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Jul 29;105(30):10360-5.
  • Crystal structure of T-p53C-Y220C in complex with PhiKan083. (A) Ribbon representation of the overall structure of T-p53C-Y220C in complex with PhiKan083 (PDB ID code 2VUK, chain B). PhiKan083 is shown in green as a stick model with its molecular surface. It binds to the mutation-induced cleft on the protein surface that is distant from the known functional interfaces of the protein. The side chain of Cys-220 at the mutation site, which adopts two alternative conformations, is highlighted in orange. (B) Stereoview of the PhiKan083-binding site. p53 residues within a 5-Å distance of the ligand are shown as gray stick models. The protein surface is highlighted in semitransparent gray. (C) |Fo−Fc| simulated-annealing omit map of PhiKan083 bound to chain B of T-p53C-Y220C contoured at 3.0 σ. (D) Superposition of T-p53C-Y220C in its free (PDB ID code 2J1X chain B; green) (16) and PhiKan083-bound form (yellow), indicating small structural shifts upon ligand binding. PhiKan083 is depicted as a gray stick model. The small red spheres represent water molecules in the ligand-free structure that are displaced upon ligand binding. (E) In wild-type p53, Tyr-220 blocks part of the Phikan083-binding pocket, as shown for the structure of wild-type core domain (PDB code 2AC0, chain B; cyan) (42) superimposed onto Phikan083-bound T-p53C-Y220C (yellow protein chain and gray PhiKan083 molecule) and free T-p53C-Y220C (green). (F) Docking of Phikan083 to the structure of ligand-free T-p53C-Y220C (PDB ID code 2J1X, chain A, Thr-230 rotamer A; purple) and to the protein chain of the complex structure (yellow) compared with its actual binding mode in the crystal structure of the complex (green). All images were prepared with PYMOL .[1].Boeckler FM, et al. Targeted rescue of a destabilized mutant of p53 by an in silico screened drug. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Jul 29;105(30):10360-5.
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