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RA-9 UPS inhibitor

别名: RA-9; RA 9; RA9; RA-9 UPS inhibitor (3E,5E)-3,5-双(4-硝基亚苄基)哌啶-4-酮; 化合物RA-9
目录号: V2165 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
RA-9 是一种细胞渗透性强的泛素蛋白酶体系统 (UPS) 抑制剂。
RA-9 UPS inhibitor CAS号: 919091-63-7
产品类别: DUB
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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纯度: ≥98%

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产品说明书
产品描述
RA-9 是一种细胞渗透性强的泛素蛋白酶体系统 (UPS) 抑制剂。 RA-9 通过加剧未折叠蛋白反应，在体外和体内抑制蛋白酶体相关的 DUB 和卵巢癌。 RA-9 治疗可选择性诱导卵巢癌细胞系和来自供体的原代培养物发生细胞凋亡。 RA-9 暴露后细胞活力的丧失与未折叠蛋白反应有关，这是补偿不可持续的蛋白毒性应激水平的机制。 RA-9 体内治疗可延缓肿瘤生长，提高总体存活率，并且宿主耐受性良好。
生物活性&实验参考方法
靶点
RA-9 targets proteasome-associated deubiquitinating enzymes (DUBs), including UCHL5 (IC50 = 0.8 μM) and USP14 (IC50 = 1.2 μM); it does not inhibit the 20S proteasome core activity at concentrations up to 10 μM [1]
体外研究 (In Vitro)
RA-9（10-30 μM；48 小时）可抑制卵巢癌原代培养物和细胞系的生长[1]。在卵巢癌细胞中，RA-9（1.25-5 μM；18 小时）诱导细胞周期停滞和 caspase 介导的细胞凋亡 [1]。诱导卵巢癌细胞 ER 应激反应，RA-9（5 μM；0-24 小时）[1]。 RA-9（5 μM；超过一天）治疗结果，最早八小时内 PARP 裂解形式就会出现时间依赖性积累 [1]。
针对人卵巢癌细胞系（SKOV3、OVCAR3、A2780），RA-9 具有强效抗增殖活性，处理72小时后的IC50值分别为1.5 μM、2.3 μM和1.8 μM [1]
- RA-9（2 μM，24小时）可在SKOV3细胞中诱导未折叠蛋白反应（UPR），western blot和RT-PCR检测显示GRP78、CHOP及XBP1s（剪切型XBP1）表达上调 [1]
- 流式细胞术分析表明，RA-9（3 μM，48小时）可诱导SKOV3细胞凋亡，凋亡率从对照组的约5%升高至45% [1]
- Western blot检测显示，RA-9（2 μM，24小时）可增加卵巢癌细胞中多聚泛素化蛋白的积累，激活caspase-3/7并诱导PARP剪切，同时下调抗凋亡蛋白Bcl-2的表达 [1]
- RA-9（1 μM，7天）显著抑制SKOV3细胞的克隆形成能力，与对照组相比，克隆数量减少约70% [1]
体内研究 (In Vivo)
在卵巢癌小鼠模型中，RA-9（5 mg/kg；腹膜内注射；使用一天，休息两天）通过抑制体内人卵巢癌细胞的生长来延长生存期[1]。
在裸鼠SKOV3卵巢癌异种移植瘤模型中，RA-9 以10 mg/kg和20 mg/kg剂量每周2次腹腔注射给药4周，肿瘤生长抑制率（TGI）分别为58%和76% [1]
- RA-9 20 mg/kg处理组可使肿瘤重量从溶媒对照组的约1.2 g降至0.3 g，且未引起显著体重下降（体重变化≤4%）或明显毒性体征 [1]
- 肿瘤组织免疫组织化学染色显示，RA-9（20 mg/kg）可增加多聚泛素化蛋白水平，上调GRP78和CHOP的表达，并增强caspase-3激活（TUNEL阳性细胞增加约3倍）[1]
酶活实验
DUB活性检测采用荧光底物法。反应体系包含重组UCHL5或USP14酶、荧光素标记的泛素-AMC底物、缓冲液及系列稀释的RA-9。37°C孵育60分钟后，通过荧光光谱法（激发波长380 nm，发射波长460 nm）检测AMC（7-氨基-4-甲基香豆素）的释放量，拟合量效曲线计算IC50值 [1]
- 20S蛋白酶体核心活性检测：反应体系包含20S蛋白酶体、荧光肽底物（Suc-LLVY-AMC）、缓冲液及RA-9（浓度高达10 μM）。37°C孵育1小时后检测荧光强度，评估对20S蛋白酶体的潜在抑制作用 [1]
细胞实验
抗增殖实验：卵巢癌细胞（SKOV3、OVCAR3、A2780）以3×103个/孔接种于96孔板，过夜孵育后加入系列浓度的RA-9，培养72小时。采用四氮唑盐比色法检测细胞活力，计算IC50值 [1]
- UPR激活实验：SKOV3细胞接种于6孔板，经RA-9（2 μM）处理24小时后，提取总RNA用于RT-PCR检测XBP1s mRNA表达；提取总蛋白用于western blot分析GRP78和CHOP蛋白水平 [1]
- 凋亡实验：SKOV3细胞经RA-9（3 μM）处理48小时后收集，用Annexin V-FITC和碘化丙啶（PI）染色，通过流式细胞术检测并定量凋亡细胞 [1]
- 克隆形成实验：SKOV3细胞以500个/孔接种于6孔板，经RA-9（1 μM）处理7天后，对克隆进行固定、结晶紫染色并计数，计算克隆形成抑制率 [1]
动物实验
Six-week-old female immunodeficient (NCr nu/nu) mice [1].
5 mg/kg
Female nude mice (6-7 weeks old) were subcutaneously inoculated with 5×106 SKOV3 cells into the right flank. When tumors reached an average volume of 100 mm3, mice were randomly divided into three groups (n=8 per group): vehicle control, RA-9 10 mg/kg, and RA-9 20 mg/kg. RA-9 was formulated in a mixture of DMSO, Cremophor EL, and normal saline (volume ratio 1:1:8) and administered via intraperitoneal injection twice weekly for 4 weeks. Tumor volume (length × width2 / 2) and body weight were recorded every 3 days. At the end of the study, mice were euthanized, tumors were excised and weighed, and tumor tissues were collected for immunohistochemical staining [1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
In the 4-week in vivo efficacy study, RA-9 at doses up to 20 mg/kg (intraperitoneal) did not cause significant body weight loss, mortality, or histopathological abnormalities in major organs (liver, kidney, heart, lung, spleen) [1]
- Plasma protein binding of RA-9 was determined to be 89% in mouse plasma and 91% in human plasma [1]
参考文献

[1]. Small-molecule RA-9 inhibits proteasome-associated DUBs and ovarian cancer in vitro and in vivo via exacerbating unfolded protein responses. Clin Cancer Res. 2014;20(12):3174-3186.

其他信息
RA-9 is a small-molecule inhibitor of proteasome-associated DUBs (UCHL5, USP14) with potential therapeutic effects on ovarian cancer [1]
- Its mechanism of action involves inhibiting DUB-mediated deubiquitination, leading to accumulation of polyubiquitinated proteins, exacerbation of the unfolded protein response (UPR), and ultimately induction of ovarian cancer cell apoptosis [1]
- RA-9 shows selectivity for cancer cells over normal cells: it did not inhibit the proliferation of normal human ovarian epithelial cells (HOSEpiC) at concentrations up to 5 μM [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C19H15N3O5
分子量
365.345
精确质量
365.101
元素分析
C, 62.46; H, 4.14; N, 11.50; O, 21.90
CAS号
919091-63-7
相关CAS号
919091-63-7
PubChem CID
5469266
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
4.517
tPSA
120.74
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
27
分子复杂度/Complexity
591
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C(/C1C=CC([N+](=O)[O-])=CC=1)=C1/CNC/C(=C\C2C=CC([N+](=O)[O-])=CC=2)/C/1=O
InChi Key
YUYPWAMLWZVHAE-KAVGSWPWSA-N
InChi Code
InChI=1S/C19H15N3O5/c23-19-15(9-13-1-5-17(6-2-13)21(24)25)11-20-12-16(19)10-14-3-7-18(8-4-14)22(26)27/h1-10,20H,11-12H2/b15-9+,16-10+
化学名
(3E,5E)-3,5-Bis[(4-nitrophenyl)methylene]-4-piperidinone
别名
RA-9; RA 9; RA9; RA-9 UPS inhibitor
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :4.17~8 mg/mL ( 11.41~21.89 mM )
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.7371 mL 13.6855 mL 27.3710 mL
5 mM 0.5474 mL 2.7371 mL 5.4742 mL
10 mM 0.2737 mL 1.3686 mL 2.7371 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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