STL127705

目录号: V33218 纯度: ≥98%
STL127705 (Compound L) 是一种有效的 Ku 70/80 异二聚体蛋白抑制剂(拮抗剂),IC50 为 3.5 μM。
STL127705 CAS号: 1326852-06-5
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
STL127705 (Compound L) 是一种有效的 Ku 70/80 异二聚体蛋白抑制剂(拮抗剂),IC50 为 3.5 μM。 STL127705 通过抑制 DNA-PKCS 激酶的激活来干扰 Ku70/80 与 DNA 的结合。 STL127705显示出抗增殖和抗肿瘤作用。 STL127705 导致细胞凋亡。
生物活性&实验参考方法
靶点
Ku70/80 heterodimer (IC₅₀ = 3.5 μM in Ku-DNA binding assay)
DNA-PKCS kinase activity (IC₅₀ = 2.5 μM in Ku-dependent activation assay) [1]
体外研究 (In Vitro)
STL127705(化合物 L)可抑制 DNA-PKCS 激酶的 Ku 依赖性激活,并在浓度为 0-100 μM 时抑制 Ku70/80 与 DNA 底物的结合 [1]。在 SF-767 细胞中,STL127705(0-100 μM;6 小时)可以降低 DNA-PKCS 自磷酸化表达 [1]。 STL127705(0–40 μM;6 小时)以剂量依赖性方式表现出抗增殖作用 [1]。当吉西他滨和TL127705(1μM;48小时)一起使用时,可以大大增加细胞凋亡[2]。
STL127705(化合物 L)在电泳迁移率变动实验(EMSA)中破坏 Ku70/80 异二聚体与 DNA 的结合,IC₅₀ 为 3.5 μM。
在生化实验中,它能抑制 Ku 依赖性的 DNA-PKCS 激酶激活,IC₅₀ 为 2.5 μM。
在 SF-767 胶质母细胞瘤细胞中,用 STL127705 预处理后,再使用依托泊苷诱导 DNA 损伤,会导致 DNA-PKCS 在 Ser2056 位点的自身磷酸化呈剂量依赖性下降(Western blot 结果显示),但不影响总 DNA-PKCS 蛋白水平。
STL127705 作为单药在 SF-767 和永生化前列腺上皮(PrEC)细胞系中表现出剂量依赖性细胞毒性。
在亚细胞毒性浓度(20–35 μM)下,STL127705 能协同增敏 SF-767 和 PrEC 细胞对电离辐射(4 Gy)的敏感性,导致细胞存活率下降的幅度超过两种单药效应简单相加的总和。[1]
酶活实验
Ku70/80-DNA 结合实验(EMSA): 将放射性标记的双链 DNA 底物与纯化的人 Ku70/80 蛋白在含有 Tris-HCl、KCl 和 DTT 的缓冲液中孵育。化合物溶解于 DMSO 中,在加入 DNA 底物前,先与蛋白质在 37°C 预孵育 5 分钟。在 37°C 继续孵育 15 分钟后,反应混合物在非变性聚丙烯酰胺凝胶上进行分离。Ku70/80 与 DNA 结合会导致条带迁移率改变(条带移位),而化合物对该结合的抑制则表现为这种移位条带的减少或消失。
DNA-PKCS 激酶活性实验: 使用市售的激酶检测系统。反应体系包含反应缓冲液、生物素化的 p53 衍生肽底物、纯化的人 Ku70/80、γ-³²P-ATP 和纯化的人 DNA-PKCS。化合物溶解于 DMSO 中,在加入 ATP 和 DNA-PKCS 之前,先与 Ku70/80 在 37°C 预孵育 5 分钟。肽底物的磷酸化通过将生物素化肽捕获在膜上,洗去未掺入的 ATP,并用闪烁计数器定量膜上的放射性信号来测量。[1]
细胞实验
细胞活力测定[1]
细胞类型: SF-767、PrEC 细胞
测试浓度: 0-40 µM
孵育时间:6小时
实验结果:证明了剂量依赖性细胞毒性。

蛋白质印迹分析[1]
细胞类型: SF-767 细胞
测试浓度: 0-100 µM
<孵育持续时间:预处理 2 小时,然后总共孵育 4 小时。
实验结果:DNA-PKCS自身磷酸化减弱,但总DNA-PKCS没有增加。 STL127705 被抑制。

细胞凋亡分析 [1]
细胞类型: H1299 细胞
测试浓度: 1 µM
孵育时间: 48 h
实验结果: STL127705与吉西他滨联合诱导细胞凋亡,细胞凋亡率大幅增加至76%。
DNA-PKCS 自身磷酸化实验: SF-767 细胞用 STL127705 预处理 2 小时,然后在化合物持续存在下,用依托泊苷(25 μM)处理 4 小时以诱导 DNA 双链断裂。制备总细胞提取物,并使用针对 DNA-PKCS Ser2056 磷酸化位点的特异性抗体和针对总 DNA-PKCS 的抗体进行 Western blot 分析。使用图像分析软件对条带强度进行定量。
细胞活力/增殖实验(MTS): 将 SF-767 或 PrEC 细胞接种于 96 孔板中过夜贴壁。细胞用一系列浓度的 STL127705(1–100 μM)预处理 2 小时,然后接受 4 Gy 的 γ 辐射或模拟处理。随后,细胞在不移除化合物的情况下培养 6 天。细胞活力通过将培养基更换为含有 MTS 试剂的无色培养基,孵育 2 小时,并在 490 nm 波长下测量吸光度来评估。吸光度值与活细胞数成正比,并归一化到未处理的对照组。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
STL127705 在人细胞系(SF-767 和 PrEC)中表现出剂量依赖性细胞毒性。在浓度高达 25 μM 时,细胞毒性保持较低水平(低于 5% 的非存活率),之后细胞死亡率呈指数级增长。其放射增敏作用的治疗窗口接近细胞毒性快速增长的起始点。[1]
参考文献

[1]. A novel small molecule inhibitor of the DNA repair protein Ku70/80. DNA Repair (Amst). 2016 Jul;43:98-106.

[2]. Inhibiting nonhomologous end-joining repair would promote the antitumor activity of gemcitabine in nonsmall cell lung cancer cell lines. Anticancer Drugs. 2022 Jun 1;33(5):502-508.

其他信息
STL127705 被鉴定为首个针对 Ku70/80 异二聚体的小分子抑制剂,Ku70/80 异二聚体是 DNA 非同源末端连接 (NHEJ) 通路中的关键 DNA 修复蛋白。
它通过基于计算机结构的药物设计方法发现,利用 Ku70/80 的晶体结构,确定了 DNA 结合通道和亚基界面附近的一个假定结合口袋。
分子对接预测 STL127705 占据该口袋,并与 Ku70 的 Ser257 和 Arg363 以及 Ku80 的 Gln269 和 Arg486 形成氢键。
通过抑制 Ku70/80 与 DNA 末端的结合,它破坏了 NHEJ 的初始步骤以及后续下游效应分子(如 DNA-PKCS)的激活。
它能够协同增强癌细胞对药物的敏感性。辐射表明该化合物具有作为肿瘤(包括胶质母细胞瘤)放射增敏剂的潜力,因为非同源末端连接(NHEJ)活性可能导致治疗耐药。
该化合物的结构被认为是药物化学优化的一个有前景的起点(“先导化合物”),可用于提高亲和力、降低细胞毒性,并开发用于癌症治疗的“先导”化合物,该化合物可能应用于合成致死策略或与放疗/化疗联合应用。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H20FN5O4
分子量
437.423707962036
精确质量
437.149
CAS号
1326852-06-5
PubChem CID
53333307
外观&性状
Off-white to light yellow solid powder
LogP
3.1
tPSA
106
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
670
定义原子立体中心数目
0
SMILES
FC1=CC=CC(=C1)N1C(NC2C(=CN=C(N=2)NCCC2C=CC(=C(C=2)OC)OC)C1=O)=O
InChi Key
FPVFCXYTLUJPQJ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C22H20FN5O4/c1-31-17-7-6-13(10-18(17)32-2)8-9-24-21-25-12-16-19(26-21)27-22(30)28(20(16)29)15-5-3-4-14(23)11-15/h3-7,10-12H,8-9H2,1-2H3,(H2,24,25,26,27,30)
化学名
2-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylamino]-6-(3-fluorophenyl)-8H-pyrimido[4,5-d]pyrimidine-5,7-dione
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~2.4 mg/mL (~5.49 mM)
H2O : < 0.1 mg/mL
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.2861 mL 11.4307 mL 22.8613 mL
5 mM 0.4572 mL 2.2861 mL 4.5723 mL
10 mM 0.2286 mL 1.1431 mL 2.2861 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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