| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 1mg |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
Cdc7 (IC50 = 3.4 nM); PIM1 (IC50 = 42 nM); CK2 (IC50 = 215 nM)
CDC7 kinase (IC50 = 3.3 nM, biochemical assay)[1] |
|---|---|
| 体外研究 (In Vitro) |
XL413 抑制 Colo-205 细胞的增殖能力 (IC50 = 2685 nM)，降低其活力 (IC50 = 2142 nM)，并激活 caspase 3/7 (EC50 = 2288 nM)。在软琼脂中，XL413 还显着抑制 colo-205 的贴壁独立生长 (IC50 = 715 nM)[1]。当应用于肿瘤时，XL413 具有细胞毒性作用，在 HCC1954 细胞中的 IC50 为 22.9 µM，在 Colo-205 细胞中为 1.1 µM，但在 HCC1954 细胞中则不然。 XL413 的 IC50 为 22.7 nM，在体外使用时是一种有效的 DDK 抑制剂。
化合物 XL413 在多种细胞系中均能有效抑制CDC7介导的MCM2磷酸化。在MDA-MB-231T细胞系中，pMCM2 IC50为118 nM；在Colo-205细胞系中，pMCM2 IC50为140 nM。[1] 流式细胞术分析显示，用 XL413 处理Colo-205细胞24小时后，细胞周期出现剂量依赖性的阻滞，细胞积聚在S期晚期和G2期，这与DNA合成受损的表现一致。[1] 用 XL413 长时间处理（3天）Colo-205细胞，可抑制细胞增殖（IC50 = 2685 nM），降低细胞活力（IC50 = 2142 nM），并诱导Caspase 3/7活性（EC50 = 2288 nM）。[1] 化合物 XL413 显著抑制Colo-205细胞在软琼脂中的非锚定依赖性生长（IC50 = 715 nM）。[1] |
| 体内研究 (In Vivo) |
在小鼠中，XL413（100 mg/kg，口服）表现出可接受的血浆暴露和良好的 PK 特性。 XL413 的所有剂量（10、30 或 100 mg/kg，口服）均具有良好的耐受性，且体重未出现明显下降[1]。
在 Colo-205 异种移植模型中，XL413 在 3 mg/kg 剂量下可抑制磷酸化 MCM2 70%，在 100 mg/kg 剂量下可显着抑制肿瘤生长。 XL413(bms - 863233;100mg /kg （p.o）盐酸盐表现出良好的PK特性和良好的小鼠血浆暴露。在所有剂量下，XL413盐酸盐（10,30或100mg /kg， p.o）耐受性良好，不会引起明显的体重减轻 [1]. 化合物14 （XL413）在Colo-205异种移植模型中的多剂量研究显示出显著的抗肿瘤效果。荷瘤小鼠口服10、30或100 mg/kg剂量，每天一次（qd），持续14天（图5）。本研究还研究了两种替代给药方案：30 mg/kg剂量，每天两次（bid）， 100 mg/kg剂量，每隔一天给药（q2d）。化合物14 （XL413）在所有剂量和方案下均具有良好的耐受性，未观察到明显的体重减轻。10 mg/kg qd剂量组仅观察到适度的肿瘤生长抑制（36%），但30 mg/kg qd剂量组观察到显著的肿瘤生长抑制（83%）。更令人印象深刻的是，如果每天给药两次，剂量为30mg /kg，观察到显著的肿瘤生长消退（32%）。ED50估计为13毫克/公斤。【1】 在Colo-205异种移植瘤模型中，口服给予 XL413 显示出剂量依赖性的靶点调控作用，即使在3 mg/kg剂量下也能检测到70%的磷酸化MCM2抑制。靶点调控的ED50计算值小于3 mg/kg。[1] 在Colo-205异种移植瘤模型的多剂量疗效研究中，XL413 显示出显著的抗肿瘤效果。每日一次（qd）口服30 mg/kg，连续14天，可导致83%的肿瘤生长抑制。每日两次（bid）口服30 mg/kg，可导致显著的肿瘤消退（32%）。疗效的ED50估计值为13 mg/kg。在所有测试剂量和方案下，化合物均表现出良好的耐受性。[1] |
| 酶活实验 |
将 20 ng 纯化的人 DDK 与浓度逐渐升高的 DDK 抑制剂预孵育 5 分钟。接下来，在含有 50 mM Tris-HCl (pH 7.5)、10 mM MgCl2 和 1 mM DTT 的缓冲液中，加入 10 µCi (γ)-32P ATP 和添加 1.5 µM 冷 ATP，并将混合物在 30°C 下孵育 30 分钟。蛋白质在 100°C 的 1X Laemmli 缓冲液中变性后，在 HyBlot CL 胶片上进行放射自显影并进行 SDS-PAGE。 DDK 的自磷酸化是其激酶活性的衡量标准。使用 ImageJ 对 32P 标记带进行定量，并使用 GraphPad 计算 IC50 值。
CDC7的生化激酶实验使用了共表达并纯化的N端Myc标签人CDC7和N端His标签人ASK。激酶活性和化合物抑制通过荧光素酶-荧光素偶联的化学发光法测定，测量激酶反应后ATP的消耗百分比。最终实验条件为：6 nM CDC7/ASK，1 μM ATP，50 mM Hepes pH 7.4，10 mM MgCl₂，0.02% BSA，0.02% brij 35，0.02% tween 20，1 mM DTT。反应在室温下孵育1-2小时。[1] |
| 细胞实验 |
Analysis of cell viability[2]
用于测定的96孔板的每个孔中铺有2500个细胞。 24小时后，细胞接受小分子抑制剂处理，然后在37°C下孵育72小时。接下来，细胞进行裂解，并采用 CellTiter-Glo 测定来量化 ATP 含量，作为代谢活跃细胞的标记。利用GraphPad软件确定IC50值。用于测定的六孔板中每孔铺有 100,000 个细胞。一天后将小分子抑制剂应用于细胞，然后培养不同的时间长度。将胰蛋白酶处理的细胞悬浮于 5 毫升磷酸盐缓冲盐水中。将 30 µL 该悬浮液与 30 µL CellTiter-Glo 试剂混合后，在室温下孵育 10 分钟。 EnVision 2104 多标签读板机和 BioTek Synergy Neo 酶标仪用于测量光度。 Caspase 3/7活性[2]< >分析 每孔5000个细胞被镀在96孔板上。24小时后，用小分子抑制剂处理细胞，37℃孵育24小时。然后分别用Caspase- glo 3/7法和CellTiter-Glo法测定Caspase 3/7活性和活细胞数。“每个细胞的Caspase活性”通过将总Caspase活性与细胞数归一化得到。 免疫印迹分析[2] 将微球重新悬浮在RIPA缓冲液（150 mM NaCl, 1% NP-40, 0.5%脱氧胆酸钠，0.1% SDS, 50 mM Tris HCl, pH 8）中制备全细胞提取物，其中含有蛋白酶抑制剂（100µM PMSF， 1 mM苯甲酰胺，2.5µg/ml Pepstatin A， 10µg/ml lepeptin和10µg/ml approtinin）和磷酸酶抑制剂（NaF， Na3VO4和Na4P2O7各1 mM）。蛋白浓度采用BCA蛋白测定试剂盒，按照制造商的方案进行测定。等量的蛋白质经过SDS-PAGE并转移到硝化纤维素膜上。Ponceau S染色证实了传递效率和负载均等。在一抗和二抗处理后，使用SuperSignal West Pico溶液将蛋白可视化。 热稳定性转移试验（TSA） [2] 所有反应在10µl终体积中孵育，在96孔板中使用20 × SYPRO Orange （Invitrogen）和200µg/ml纯化的DDK进行检测。用抑制剂化合物在冰上孵育反应30分钟。从四种激酶抑制剂文库中筛选化合物，在20µM下筛选总DMSO浓度为2%或更低的Tm增加。热熔实验采用StepOnePlus Real-Time PCR System熔融曲线程序进行，升温速率为1℃，温度范围为15℃~ 85℃。对获得的12个命中点进行后续tsa，但重复三次，使用200倍的抑制剂浓度范围。数据分析按描述进行。用GraphPad Prism拟合s型熔体曲线与玻尔兹曼方程，计算熔体温度Tm， R2值为>0.99。有化合物和不含化合物的反应计算出的Tm值之差为ΔTm。 进行了内源性MCM2磷酸化的固定细胞免疫荧光实验。将MDA-MB-231T细胞接种于96孔板，用测试化合物的系列稀释液处理4小时，然后固定和透化。细胞与针对磷酸化MCM2（Ser40/Ser41）的一抗孵育过夜，接着与荧光标记的二抗孵育。在高内涵成像系统上读取pMCM2信号强度。通过比较化合物处理孔与DMSO对照孔的信号强度来确定IC50值。[1] 细胞增殖通过BrdU掺入实验测定，细胞活力使用发光法细胞活力检测试剂盒测定，细胞凋亡使用均质Caspase-3/7检测试剂盒测定。[1] |
| 动物实验 |
3、100 mg/kg
Colo-205 异种移植模型 在 Colo-205 异种移植模型中进行药效学和疗效研究时，将 XL413 溶液/混悬液经口（灌胃）给予荷瘤的无胸腺裸鼠。给药方案包括：单次给药 3、10、30 和 100 mg/kg 用于药效学分析（给药后 4 小时取样）；以及每日一次 (qd) 给药 10、30 或 100 mg/kg，持续 14 天用于疗效评估。此外，还测试了 30 mg/kg 每日两次 (bid) 和 100 mg/kg 隔日一次 (q2d) 的给药方案。监测体重变化以评估耐受性。[1] |
| 药代性质 (ADME/PK) |
在一项完整的鼠药代动力学研究中，大鼠口服 3 mg/kg 剂量后，XL413 的 Cmax 为 8.61 μM，AUC(PO) 为 75 μM·h，清除率 (CL) 为 117 mL/h·kg，稳态分布容积 (Vss) 为 0.55 L/kg，半衰期 (T1/2) 为 2.32 小时，口服生物利用度 (F) 为 95%。[1]
在鼠药代动力学研究中，口服 100 mg/kg 后，1 小时和 4 小时血浆药物浓度分别为 141 μM 和 81 μM。[1] |
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
XL413对主要细胞色素P450同工酶的抑制作用较弱：对CYP3A4、2C9、2D6和2C19的IC50 > 50 μM；对CYP1A2的IC50 = 6.9 μM。[1]
它对hERG钾通道无活性（IC50 > 30 μM）。[1] 在小鼠重复给药疗效研究中（每日剂量高达100 mg/kg，持续14天），未观察到明显的体重减轻，表明在有效剂量下具有良好的耐受性。[1] |
| 参考文献 |
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| 其他信息 |
XL413 是一种苯并呋喃并嘧啶类化合物，其结构为 3,4-二氢[1]苯并呋喃并[3,2-d]嘧啶，分别在 2、4 和 8 位被 (2S)-吡咯烷-2-基、氧代基和氯基取代。它是一种强效的 Cdc7 激酶 ATP 竞争性抑制剂（IC50 = 3.4 nM），并具有抗癌特性。它可作为 EC 2.7.11.1（非特异性丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶）抑制剂和抗肿瘤药物。它是一种苯并呋喃并嘧啶类化合物，属于有机氯化合物，也是吡咯烷类化合物。
BMS-863233 已被研究用于治疗难治性血液肿瘤。 CDC7 激酶抑制剂 BMS-863233 是一种口服生物利用度高的细胞周期蛋白 7 同源物 (CDC7) 激酶抑制剂，具有潜在的抗肿瘤活性。CDC7 激酶抑制剂 BMS-863233 可与 CDC7 结合并抑制其活性，这可能导致 DNA 复制和有丝分裂受到抑制，肿瘤细胞凋亡被诱导，以及 CDC7 过表达肿瘤细胞的增殖受到抑制。 CDC7是一种丝氨酸/苏氨酸激酶，在多种肿瘤细胞类型中过表达，它通过激活复制起点在DNA复制的起始过程中发挥着至关重要的作用。 CDC7是一种丝氨酸/苏氨酸激酶，已被证实是DNA复制起始和维持所必需的。在多种肿瘤细胞系中均检测到CDC7的上调，而抑制CDC7会导致细胞周期阻滞。本文中，我们公开了一种高效且选择性的CDC7抑制剂XL413 (14)的发现，该抑制剂已进入I期临床试验。从前文所述的先导化合物3出发，我们优化了其对CDC7的效力和选择性，以证明其在体外可诱导CDC7依赖性细胞周期阻滞，并在Colo-205异种移植瘤模型中抑制体内肿瘤生长。[1] Cdc7-Dbf4激酶或DDK（Dbf4依赖性激酶）通过磷酸化并激活复制性Mcm2-7 DNA解旋酶来启动DNA复制。DDK在许多肿瘤细胞中过表达，并且由于DDK抑制剂可诱导多种癌细胞凋亡，但不会导致正常细胞凋亡，因此DDK已成为一种新兴的化疗靶点。PHA-767491和XL413是多种高效DDK抑制剂中的两种，它们对纯化的激酶具有低纳摩尔级的IC50值。尽管XL413对DDK具有高度选择性，但其在细胞系中的活性尚未得到充分表征。我们测定了 XL413 对一系列肿瘤细胞系的抗增殖和促凋亡作用，并与活性已得到充分表征的 PHA-767491 进行了比较。两种化合物均为有效的 DDK 生化抑制剂，但令人惊讶的是，它们在不同细胞系中的活性差异很大。与 PHA-767491 不同，XL413 仅对所测试的十种细胞系中的一种表现出显著的抗增殖活性。由于 XL413 未能有效抑制多种细胞系中的 DDK，因此该化合物的生物利用度可能有限。为了寻找其他潜在的 DDK 抑制剂，我们还使用 DDK 热稳定性变化分析 (TSA) 测试了约 400 种已知激酶抑制剂与 DDK 的交叉反应性。我们鉴定出 11 种能够显著稳定 DDK 的化合物。其中一些化合物抑制 DDK 的效力与 PHA-767491 相当，包括 Chk1 和 PKR 激酶抑制剂，但它们的化学骨架与已知的 DDK 抑制剂截然不同。综合来看，这些数据表明，几种已知的激酶抑制剂与DDK存在交叉反应，同时也凸显了设计更多特异性、具有生物活性的DDK抑制剂作为化疗药物的潜力。[2] XL413是一种强效、选择性、ATP竞争性CDC7激酶抑制剂，通过基于结构的优化方法发现。它是一种苯并呋喃嘧啶酮衍生物。[1] 其抗肿瘤机制与肿瘤细胞在细胞周期的S期晚期至G2期阻滞有关，这种表型表明CDC7受到抑制，最终导致细胞凋亡。[1] 基于其良好的临床前研究结果，XL413已进入I期临床试验。[1] |
| 分子式 |
C₁₄H₁₂CLN₃O₂
|
|---|---|
| 分子量 |
289.72
|
| 精确质量 |
289.062
|
| CAS号 |
1169558-38-6
|
| 相关CAS号 |
XL413 monohydrochloride;2062200-97-7;XL413 hydrochloride;1169562-71-3
|
| PubChem CID |
135564632
|
| 外观&性状 |
Typically exists as Off-white to light yellow solid at room temperature
|
| LogP |
3.488
|
| tPSA |
71.18
|
| 氢键供体(HBD)数目 |
2
|
| 氢键受体(HBA)数目 |
4
|
| 可旋转键数目(RBC) |
1
|
| 重原子数目 |
20
|
| 分子复杂度/Complexity |
456
|
| 定义原子立体中心数目 |
1
|
| SMILES |
ClC1=CC=C2C(C(N=C([C@@H]3CCCN3)NC4=O)=C4O2)=C1
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| InChi Key |
JJWLXRKVUJDJKG-VIFPVBQESA-N
|
| InChi Code |
InChI=1S/C14H12ClN3O2/c15-7-3-4-10-8(6-7)11-12(20-10)14(19)18-13(17-11)9-2-1-5-16-9/h3-4,6,9,16H,1-2,5H2,(H,17,18,19)/t9-/m0/s1
|
| 化学名 |
8-chloro-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]-3H-[1]benzofuro[3,2-d]pyrimidin-4-one
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| 别名 |
XL413; 1169558-38-6; BMS-863233; XL-413; 1169562-71-3;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 3.4516 mL | 17.2580 mL | 34.5161 mL | |
| 5 mM | 0.6903 mL | 3.4516 mL | 6.9032 mL | |
| 10 mM | 0.3452 mL | 1.7258 mL | 3.4516 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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